В конце 1547 г., отправляясь в поход на Казань, царь приказал боярам «приходить» для решения различных вопросов к митрополиту. В попытках найти выход из охватившего страну внутриполитического кризиса царь и его советники искали поддержки у архиереев, которые выступали посредниками в контактах между сторонами и гарантами достигнутых договорённостей. На созванном в феврале 1549 г. Соборе примирения царь и бояре каялись перед иерархами в своих винах, по «прошению» митрополита и епископов царь простил боярам их проступки, а затем и «кормленщики со всеми землями помирилися во всяких делех». На этом Соборе иерархи дали благословение на составление нового Судебника. В 1551 г. Судебник вместе с некими «уставными грамотами» был представлен на рассмотрение церковного Собора. В 1550 г., перед Казанским походом, во Владимир, где собиралась русская армия, прибыл митрополит Макарий с освященным Собором, и здесь при участии духовенства после прочтения адресованного войску поучения митрополита было принято решение, что воины в походе должны нести службу «без мест». Подготовленный в 1550 г. проект реформ также должен был обсуждаться при участии митрополита и архиереев. В 1552 г., во время похода на Казань, митрополиту Макарию было снова поручено «наказывать» бояр, остававшихся в Москве. Во время похода Макарий обратился с «посланием учительным» к войску, а затем к царю. Митрополит убеждал, что войско и правитель добьются успеха, если станут бороться со своими пороками и вести образ жизни, достойный христианина. Царя митрополит призывал соблюдать «евангельские заповеди»: «...Храбрость, мудрость, правду, целомудрие, а потом – суд праведный и милость к согрешающим» (Полное собрание русских летописей). Однако эти известия отражают лишь одну сторону отношений молодого царя и духовенства. Более полную и всестороннюю картину даёт текст решений Собора 1551 г. (см. Стоглав) в сопоставлении с рядом документов, исходивших в эти годы от русского правительства. Эти тексты позволяют исследователям выявить новые области сотрудничества и те сферы, где имел место конфликт интересов. Царь председательствовал на Соборе, его вопросы, адресованные участникам, определили проблематику соборных обсуждений. Иван IV Васильевич обратился к отцам Собора с большой речью: благодарил их за «благой совет», с помощью которого он смог «устрояти и управляти» государством, просил и впредь оказывать ему такую помощь и давать наставления, чтобы он правил «якоже лепо есть благочестивым царем». Царь не только хотел устранить непорядки в церковной жизни, следуя «правилом святых отец», но и предлагал священнослужителям выступить против него, если он отступит от этих правил: «Аще преслушник буду, воспретите ми без всякого страха».