Живя в московских монастырях, Иоаким был близок к боярским семьям Ртищевых и Хитрово. В период настоятельства в Чудовом монастыре тесно общался с иеромонахом Епифанием (Славинецким) и его учеником иноком Евфимием. К началу 1670 гг. Иоаким проявил себя как противник западных культурных заимствований: осенью 1672 г. патриарх Питирим, на которого Иоаким имел влияние, выступил против первых театральных представлений при царском дворе. Став патриархом, Иоаким также их осудил, несмотря на то что Алексею Михайловичу спектакли очень нравились. 22 декабря 1672 г. Иоаким был хиротонисан во митрополита Новгородского и Великолуцкого. В Новгороде, по-видимому, сразу после приезда, он сказал поучение, в котором убеждал паству подчиняться власти, «понеже безначалие всюду зло есть и погибели, и крамолы, и мятежа виновно». Отметив, что власть «есть сугуба: ова гражданская, ова же церковная», митрополит высказался в пользу превосходства церковной власти: «духовный же начальник – многим вящий» начальника гражданского. Из Новгорода Иоаким отправил делегацию в составе архимандрита тихвинского Большого в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря Макария, священника Софийского собора Меркурия Гаврилова и Ф. Верейды к мятежным монахам Соловецкого в честь Преображения Господня мужского монастыря, которые отказывались повиноваться властям и служить по новоисправленным книгам. Эта миссия успеха не имела; в январе 1676 г., когда Иоаким уже был патриархом, непокорная обитель была взята царскими войсками. В 1673 г. Иоаким издал указ о сборе в Новгородской епархии налогов с духовенства поповскими старостами, а не светскими чиновниками, что стало важной мерой в политике ликвидации управления приходским духовенством со стороны светских лиц, активно проводившейся Иоакимом в период патриаршества. В Новгороде он оставался недолго, по большей части находился в Москве и занимался делами общецерковного управления при старом и немощном патриархе Питириме (ум. 19 апреля 1673 г.). 26 июля 1674 г. Иоаким был возведён в сан патриарха. Время управления Иоакимом Русской церковью характеризуется активной деятельностью первосвятителя по укреплению центральной власти в России, как духовной, так и светской, в условиях углублявшегося церковного раскола и борьбы придворных группировок при молодых и слабых правителях. Патриарх был одним из наиболее влиятельных государственных деятелей того времени, который разрешал острые конфликты между правившими кланами. После кончины Алексея Михайловича (29 января 1676 г.) Иоаким благословил на царство Фёдора Алексеевича (исследователи считают, что патриарх сразу же позиционировал себя как один из центров высшей власти в государстве наряду с царём).