По мнению исследователей, из-за конфликта с Никоном Иоаким покинул монастырь и, получив приглашение от Фёдора Михайловича Ртищева, перешёл строителем в московский Андреевский монастырь в Пленницах. Вскоре поступил на должность келаря в Новоспасский московский в честь Преображения Господня мужской монастырь. Несмотря на то что Иоаким много сделал для наведения порядка в хозяйстве этого привилегированного монастыря, у нового келаря были столкновения с настоятелем обители архимандритом Прохором, невзлюбившим Иоакима, и с братией (в Житии рассказывается, что однажды монахи взбунтовались против келаря из-за недоброкачественной рыбы). На защиту Иоакима встал живший в Новоспасском монастыре близкий к царю М.А. Ртищев. На Соборе в августе 1664 г. русские иерархи рекомендовали Иоакима на место архимандрита Чудова монастыря, освободившееся после того, как бывший настоятель обители Павел был назначен Сарским и Подонским (Крутицким) митрополитом. 19 августа в московском монастыре Донской иконы Божьей Матери Иоаким был рукоположён Новгородским митрополитом Питиримом во иерея (раньше митрополит Питирим поставил Иоакима «в священосцы, четцы, иподияконы и диаконы»). 22 августа царь Алексей Михайлович предложил Иоакиму стать архимандритом Чудова монастыря. По сообщению старообрядца диакона Фёдора Иванова, предварительно царь поручил М.А. Ртищеву испытать Иоакима, «которыя он держится веры – старыя или новыя», на что Иоаким будто бы ответил: «Аз-де, государь, не знаю ни старыя веры, ни новыя, но что велят начальницы, то и готов творити и слушать их во всем». Являясь настоятелем Чудова монастыря, Иоаким вошёл в ближайшее окружение Алексея Михайловича и стал одним из главных исполнителей планов царя в устройстве церковных дел: в разрешении «дела Никона» и в борьбе с набиравшим силу старообрядчеством. По свидетельству Жития Иоакима, «пресветлый же великий государь царь и великий князь Алексей Михайлович, всея Великия, и Малыя, и Белыя России самодержец, велми любяше и почитаху сего архимандрита Иоакима, и начасте сему повелеваше пресветлыя свои государские очи видети, и беседоваше с ним зело любезно, и в сладость послушаше его о всяких своих царственных великих (делах), ведый его мужа праведна и добродетелна, тиха и кротка». 18–19 декабря 1664 г. Иоаким сопровождал Крутицкого митрополита Павла, который был послан в Новоиерусалимский монастырь вслед за Никоном, который забрал из Москвы посох святителя Петра. Иоаким способствовал возвращению святыни в Успенский собор Московского Кремля. Чудовский архимандрит входил в делегацию, приехавшую 13 января 1665 г. к Никону в Новоиерусалимский монастырь, чтобы получить от него письма его покровителя боярина Никиты Алексеевича Зюзина и уговорить Никона уйти на покой.