Во время Крымских походов 1687–1689 гг. Иоаким не только находился в постоянной переписке с отправившимися в поход военачальниками, но и распорядился выпустить несколько изданий «Ектений о победе на агаряны» (май и июнь 1687 г.). В сфере церковного управления патриарх прилагал активные усилия к консолидации русского епископата и укреплению своей власти в условиях углублявшегося церковного раскола и нараставшей социальной напряжённости в стране, последовательно боролся с враждебными православной церкви явлениями. При Иоакиме регулярно собирались архиерейские Соборы, основными задачами которых были проведение в жизнь решений Собора 1666–1667 гг., в первую очередь, борьба с расколом, укрепление авторитета духовенства (преимущественно епископата) и меры по обособлению духовенства в особое сословие. Хотя Собор 1666–1667 гг. провозгласил необходимость подчинения духовных лиц духовной юрисдикции, эти решения не выполнялись, т.к. не было повсеместной системы органов управления духовенством через духовных лиц. В 1675 г. Собор принял решения о создании во всех епархиях судов из духовных лиц для разбора дел, в которых замешаны клирики; светские слуги епископов могли привлекаться лишь для исполнения принятых решений «против архиерейского чину непослушников». В результате осуществления этих решений в 1677 г. был закрыт Монастырский приказ. По решению Собора 1675 г. часть судебных полномочий патриарха была передана епархиальным архиереям, что позволяло им успешнее бороться с распространением старообрядчества. На Соборе рассматривались также вопросы о новом переводе Библии с греческого языка, были уточнены границы епархий. Большое внимание Собор уделил архиерейскому служению, которое подвергалось многочисленным нападкам со стороны старообрядцев. Соборные решения в этой части представляли собой перевод сочинения Симеона Фессалоникийского, и были опубликованы в предисловии к «Чиновнику архиерейского священнослужения» (М., 1677 г.), где многократно подчёркивается идея единства высшего духовенства. Собор установил отличия в службе и облачении патриарха и других архиереев, регламентировал детали облачения, особое внимание было уделено укреплению авторитета патриарха через соответствующие знаки отличия. Этой же необходимостью (поднять значение первоиерарха) было вызвано рассмотрение на Соборе 1678 г. вопроса о чине шествия на осляти в Неделю ваий (Вербное воскресенье). Собор постановил совершать обряд только в столице в присутствии и при участии царя и патриарха. Раньше, в июне 1677 г., Иоаким разослал архиереям грамоты, в которых запретил титуловаться «великими господами».