Обряд венчания на царство Фёдора Алексеевича содержал два важных изменения, без сомнения, внесённых по воле Иоакима, роль которого в обряде была чрезвычайно велика. В отличие от деда и отца Фёдор Алексеевич не сам венчал себя, а был венчан патриархом. Второе изменение чина заключалось в том, что при венчании самодержец причастился не у царских врат, как это было принято в России раньше, а в алтаре – как священнослужитель, что соответствовало византийской практике. Хотя в современной научной литературе это новшество расценивается как результат «византинизации» русского двора, для такой точки зрения у исследователей нет оснований, поскольку, как известно, взгляды Фёдора Алексеевича формировались под влиянием европейской культуры, воспринимавшейся через украинское и польское посредство. Причиной данного изменения чина венчания исследователи считают позицию патриарха, стремившегося к всемерному укреплению авторитета царя через сакрализацию его власти в условиях религиозной и социальной нестабильности в России. Исследователям трудно переоценить значение Иоакима для разрешения политических кризисов 1682 и 1689 гг. 27 апреля 1682 г., в день смерти бездетного Фёдора Алексеевича, патриарх возглавил избирательный Собор, на котором в результате «единодушнаго согласия и сердечнаго единомыслия» царём избрали Петра (сохранился акт Собора с названием «Воззвание патриарха Иоакима ко всем государственным чинам и к народу»). Во время стрелецкого восстания в мае 1682 г. Иоаким мужественно встал на защиту царевичей и вдовствующей царицы Наталии Кирилловны. Под давлением стрелецкого войска 25 июня патриарх венчал на царство Иоанна и Петра Алексеевичей. Ранее, в мае, регентшей при малолетних царях была объявлена царевна Софья Алексеевна. Впоследствии патриарх был категорически против коронования царевны, о чём мечтали её сторонники. Во время противостояния Софьи и Петра летом-осенью 1689 г. Иоаким находился в Троице-Сергиевом монастыре вместе с юным царём. Остро переживал патриарх и внешнеполитические угрозы. В период тяжёлых боёв второго Чигиринского похода русской армии он составил «Поучение, возбуждающее люди до молитвы и поста во время нахождения супостатов», изданное в Москве вместе с «Молебным пением, певаемым во время брани» в июле 1678 г. Чтоб предупредить новое нашествие султана и хана на Украину, в декабре 1678 г. из Москвы в Константинополь было отправлено посольство с предложением султану восстановить дружественные отношения с Россией. Помимо царской грамоты посол вёз грамоту Иоакима к муфтию с призывом удержать султана от войны: патриарх просил муфтия о предотвращении «ратей, начинающихся неправдою за причиною богомерзкого законопреступника Юраски Хмельницкого» (Юрий Богданович Хмельницкий в 1678–1681, 1684–1685 гг. управлял Правобережной Украиной, оккупированной Турцией, как вассал султана).