Слава Иннокентия распространилась и за пределы России. При его жизни проповеди (прежде всего, «Первая седмица Великого поста...») были переведены на французский, польский, немецкий, греческий, сербский и армянский языки. На французское издание вышли восторженные рецензии в «Revue critique des livres nouveaux» и «Le Sémeur». Популярность снискали и составленные Иннокентием акафисты, основу для которых он брал из западнорусских акафистников, но при этом сокращал и редактировал их. Составил и издал акафисты Страстям Господним, Покрову Пресвятой Богородицы, Живоносному гробу и Воскресению Христову, архангелу Михаилу, Пресвятой и Животворящей Троице. В последние дни жизни составлял акафист к причащению Святых Таин. В Харькове чтение Иннокентием акафистов в крестовой церкви привлекало множество богомольцев. Первое собрание его сочинений издал М.П. Погодин в 1843 г. После смерти Иннокентия право на издание его сочинений перешло к его брату Матвею Алексеевичу Борисову, от него к Николаю Христофоровичу Палаузову, а затем к издателю Маврикию Осиповичу Вольфу, который выпустил несколько изданий собрания сочинений тиражом в десятки тысяч экземпляров: в 1870–1874 гг., в 1872–1877 гг. – первое «полное» собрание в 11 томах, в 1901 г. – второе в 12 томах. Однако М.О. Вольф, печатая тексты по рукописям Иннокентия, пропустил многие тексты, напечатанные самим Иннокентием без подписи, допустил ошибки в датах и проч. Собрания сочинений Иннокентия также издавали Пётр Петрович Сойкин в 1907 г. и Игнатий Лукьянович Тузов в 1908 г. Некоторые работы Иннокентия остались неизданными. Он подготовил материалы и составил подробную программу для следующих изданий: «Вертоград духовного красноречия» (считается сборником лучших проповедей всех времён и народов), «История Соборов Вселенских и Поместных, в их подлинных деяниях» (впоследствии осуществлено в Казанской духовной академии), «Церковный архив» (библиотека древних и новых исторических сочинений о православной церкви с присоединением сборника иностранных сочинений о Русской церкви; подробная программа была представлена Иннокентием в Синод, одобрена, впоследствии осуществление поручено Киевской духовной академии), «История Церкви Российской в связи с историей Церкви других единоверных нам племён славянских», «Палинодия» архимандрита Захарии (Копыстенского; Иннокентий занимался этой работой в Харькове по подлиннику из библиотеки киевского Софийского собора), а также для перевода Кормчей книги на русский язык (за этот труд Иннокентий взялся по поручению обер-прокурора С.Д. Нечаева, после его отставки работа прекратилась), для подробного богословского словаря, для жизнеописания протоиерея Ивана Васильевича Леванды (материалы послужили основой для издания Киевской духовной академии об И.В. Леванде), для редакции перевода «Православного исповедания веры» Киевского митрополита Петра (Могилы).