Приступив к работе в Киеве, Иннокентий занимался сборником до конца жизни. Проект, начатый по его инициативе, затем принял официальный характер. Иннокентий ежегодно должен был докладывать в Синод о результатах, это его угнетало. Окончанию труда мешали частые перемещения Иннокентия и трудности в поиске необходимых рукописей, поэтому он был вынужден сократить изначальную программу. Первая часть (с материалами до X в.) была отослана в Санкт-Петербург в сентябре 1845 г., вторая часть – в январе 1846 г. От составления третьей части Иннокентий уклонился и сменил название труда на «Памятник веры православной». После поправок в Синоде сборник был одобрен, частично отпечатан и отослан Иннокентию для исправления по новым замечаниям. После смерти Иннокентия рукописи и отпечатанные листы «Памятника...» были изъяты из его бумаг по указанию Синода и отправлены в Санкт-Петербург. В 1860 г. они были переданы для редактирования архиепископу Филарету (Гумилёвскому) и затем отправлены на рассмотрение в Санкт-Петербургский цензурный комитет и в конференцию Санкт-Петербургской духовной академии, которые дали положительное заключение. По требованию товарища обер-прокурора Синода князя Сергея Николаевича Урусова «Памятник...» ещё раз поручили рассмотреть профессору Санкт-Петербургской духовной академии Ивану Васильевичу Чельцову, который нашёл в нём еретические вероопределения и не рекомендовал к печати. В настоящее время рукопись «Памятника...» и дополнительные материалы к ней («Времена богослужения и молитв общественных и частных по Апостольским Постановлениям», «О среде, пятке и дне воскресном по ним же», «О главных праздниках и Св. Четыредесятнице», «Об обете девства по Апостольским Постановлениям») хранятся в Российском государственном историческом архиве. В 1854 г. по поручению Санкт-Петербургской Академии Наук Иннокентий дал отзыв на «Православно-догматическое богословие» епископа Макария (Булгакова), оценив его чрезвычайно высоко и высказавшись за присуждение автору полной Демидовской премии. По суждению Иннокентия, «богословие как наука подвинуто сим многоучёным творением далеко вперёд... и разоблачено в нём совершенно от схоластики и Латинского языка и таким образом введено в круг Русской литературы и предложено, так сказать, ко всеобщему употреблению для всех любителей богословских познаний». Иннокентий, которого называли «русским Златоустом», особенно прославился своими проповедями. По мнению многих современников, в искусстве проповеди он сделал настоящий переворот. Известность проповедника пришла к Иннокентию уже в Санкт-Петербурге, где он читал проповеди в Александро-Невской лавре, Казанском соборе и других церквах. В Киевской духовной академии проповедовал почти за каждым богослужением, его проповеди привлекали множество верующих.