Библиотека Иннокентия, насчитывавшая около 2 тыс. наименований (около половины на иностранных языках), в 1862 г. была передана в Херсонскую духовную семинарию и составила специальное, «Иннокентиевское» отделение. Иннокентий имел богатые ботаническую и минералогическую коллекции, был «человек чувства и воображения, натура живая, подвижная и отзывчивая». Однажды, читая книгу по астрономии, он был так «поражён величием и устройством миров, что упал ниц». Обладал твёрдой волей, был общителен, умел располагать к себе людей и влиять на них, старался привлекать к своей деятельности всех, в ком видел проблески способностей и желание трудиться. Михаил Петрович Погодин называл его «великим гражданином земли Русской». Перед кончиной Иннокентий велел принести ему проповеди митрополита Филарета (Дроздова) и читал их. 26 мая 1857 г., в праздник Святой Троицы, в 5 часов утра скончался на руках архимандрита Дионисия. Два дня к архиерейскому дому шли люди поклониться телу Иннокентия, 27 мая останки были перенесены из архиерейских покоев в крестовую церковь. Отпевание совершали Кишинёвский архиепископ Иринарх (Попов) и Одесский епископ Поликарп. Тело было погребено в Преображенском кафедральном соборе в Одессе, при входе в правый придел. Иннокентий был в числе других исторических деятелей изображён на воздвигнутом в 1862 г. памятнике «Тысячелетие России» в Новгороде. В 1900 г. торжественно отмечалось 100-летие со дня его рождения. 14 декабря 1900 г. по телеграфу было передано распоряжение Синода совершить 15 декабря в духовно-учебных заведениях литургию и панихиду по случаю юбилея с освобождением учащихся от занятий. Годовщину отмечали и научные общества, членом которых состоял Иннокентий. В 1907 г. праздновалось 50-летие со дня его кончины. В 1936 г. Преображенский собор был взорван, останки Иннокентия захоронены на одесском Слободском кладбище. В 1950 г. заботами Одесского архиепископа Никона (Петина) останки перенесены на другое место, на могиле установлены надгробие и памятник. В 1987 г. останки перенесены на кладбище одесского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря. В 1997 г. решением Священного Синода УПЦ Иннокентий был причислен к лику местночтимых святых Одесской епархии, 18 июля того же года состоялось обретение мощей, которые перенесли в Успенский собор Одессы. 13 декабря в Успенском соборе был совершён чин прославления Иннокентия, торжество возглавил предстоятель УПЦ митрополит Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан). 8 декабря 2005 г. имя Иннокентия по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II было внесено в месяцеслов РПЦ. 7 июня 2007 г. мощи были перенесены в воссозданный Преображенский собор, нижний храм которого освящён во имя Иннокентия.