Результатом его забот стали строительство в Константинополе болгарской церкви и возведение в сан епископа Лаодикийского Стефана Ковачевича. По инициативе Иннокентия начались сбор и отсылка в Болгарию богослужебных книг, церковных облачений и других вещей через дипломатическую канцелярию новороссийского генерал-губернатора графа Александра Григорьевича Строганова. Поддерживая политическое возрождение Греции, Иннокентий выделял крупные денежные пожертвования в пользу греческих церквей, распространял в Греции свои сочинения, переведённые на греческий язык. Содействовал поступлению выходцев с православного Востока в высшие учебные заведения России. Иннокентий был приглашён в Москву на коронацию Александра II. В день коронации, 26 августа 1856 г., назначен членом Синода. После возвращения из Москвы приехал в апреле 1857 г. в Крым. Во время поездки посетил Бахчисарайский Успенский скит, Балаклавский во имя великомученика Георгия Победоносца монастырь, Симферополь, Корсунский монастырь и 11 мая, уже совсем больной, вернулся в Одессу. Иннокентий был действительным членом Российской Академии Наук (1836 г.) и Санкт-Петербургской Академии Наук (1841 г.), Одесского общества истории и древностей (1840 г.), почётным членом Московской духовной академии (1844 г.), Киевской духовной академии (1851 г.), Киевского (1835 г.), Санкт-Петербургского (1849 г.), Московского (1855 г.), Харьковского университетов, Датского Королевского общества северных антиквариев (1836 г.), Общества сельского хозяйства Южной России (1851 г.), Вольного экономического (1849 г.), Русского географического (1851 г.), Русского археологического (1852 г.) обществ и др. Награждён орденами св. Анны второй степени, украшенным императорской короной (1829 г.), и первой степени (1839 г.), св. Владимира третьей (1835 г.) и второй (1848 г.) степени, св. Александра Невского (1853 г.), греческим орденом Спасителя первой степени (1851 г.). Один из просвещённейших русских архипастырей, Иннокентий отличался широким кругозором, универсальностью знаний и практическим умом. Хорошо разбирался в философии, естествознании, во всеобщей и в российской истории, в палеографии, археологии, географии, статистике, политической экономии, геологии, анатомии. Свободно владел французским, немецким, польским, древнегреческим, латинским, древнееврейским языками.