После окончания войны икона была возвращена в Касперовку, намерение Иннокентия о её ежегодном перенесении в Одессу осуществилось в 1858 г., при епископе Димитрии (Муретове). Молва об Иннокентии распространилась даже среди войск противника. За пастырское участие в благоустроении Крестовоздвиженской общины сестёр милосердия он 30 апреля 1855 г. получил благодарственный рескрипт от великой княгини Елены Павловны. Во время посещения Одессы в конце октября того же года император Александр II благодарил Иннокентия за его труды в военное время. После окончания войны в апреле 1856 г. Иннокентий объехал весь Крым, заботясь о восстановлении разрушенных и опустошённых монастырей и церквей, о благоустройстве кладбищ для павших воинов; представил в Синод подробный доклад о своей поездке и ходатайствовал об отпуске средств на пособие лицам духовного ведомства, в том числе иеромонахам, служившим при госпиталях. Иннокентий внимательно следил за положением дел на Востоке, рассматривая Херсонскую епархию как «аванпост духовный России пред Востоком». Благодаря своим знакомым епископу Поликарпу (Радкевичу), архимандриту Софонии (Сокольскому; впоследствии архиепископ Туркестанский), архимандриту Антонину (Капустину), иеросхимонаху Сергию (Веснину) Иннокентий был хорошо осведомлён о событиях на Востоке. Через греческих дипломатических агентов в России и российских дипломатических представителей на Востоке старался направлять ход церковных, а по возможности и политических дел в русле религиозного единения и мира между греками и славянами. В ноябре 1856 г. Иннокентий принял на себя попечительство над Обществом для религиозно-нравственного воспитания болгар, находившимся тогда в стадии становления и формально утверждённым после смерти Иннокентия как Настоятельство одесских болгар, собирающих пожертвования по империи для бедных болгарских православных церквей и училищ. В качестве задач общества Иннокентий намечал издание необходимых для болгар книг, исторических актов, поездки русских в Болгарию для её изучения, оказание финансовой поддержки со стороны российского правительства, открытие русских церквей и подворий (которые стали бы «малыми русскими сторожевыми пунктами и некоторого рода укреплёнными местами») в Болгарии, Константинополе, Малой Азии, особенно на Черноморском побережье, предоставление обществу права сношений по делам его программы непосредственно с консулами. В письмах разным лицам Иннокентий доказывал, что «настала пора действовать уже не штыками и пушками, а более пером и умом».