В августе 1854 г. по просьбе жителей Одессы и с высочайшего разрешения в Одессу была перенесена Касперовская икона Божьей Матери и оставлена в Преображенском кафедральном соборе. Иннокентий каждую пятницу перед литургией совершал перед ней составленный им акафист Покрову Пресвятой Богородицы. Перед иконой произносили обет сёстры милосердия Крестовоздвиженской общины. Этой иконой Иннокентий благословлял войска, уходившие в Севастополь, во время молебнов солдаты покупали свечи за медные гроши и пятаки. Иннокентий распорядился хранить эти деньги, не смешивая с другими, сделать из них медный крест и установить в кафедральном соборе в память будущим поколениям. После поражения на Альме, когда началось отступление русских войск, и был открыт путь на Севастополь и Симферополь, Иннокентий один, без свиты, 13 сентября 1854 г. прибыл в Симферополь, 14 сентября совершил в соборе молебен, обличая малодушие и призывая заботиться о войсках. 15 сентября послал главнокомандующему светлейшему князю Александру Сергеевичу Меншикову письмо с просьбой о разрешении приехать в Севастополь, помолиться с войсками и передать им копию Касперовской иконы, но получил отказ. 16 сентября произнёс проповедь в соборе, благословив Симферополь и Крым Касперовской иконой, 17 сентября совершил покаянный молебен в Карасубазаре, 18 сентября прибыл в Феодосию, а затем отправился в горную часть полуострова, пробыв в Крыму до 29 сентября. В июне-июле 1855 г. снова посетил Крым, наблюдал оборону Малахова кургана, под обстрелами совершал литургию и произносил проповеди (25 июня на северной стороне Севастополя в лагерной церкви, 26 июня в Николаевском соборе), передал иконы, присланные на благословение защитникам Севастополя с разных концов России. Иннокентий заботился о госпиталях, госпитальном духовенстве и сёстрах милосердия, организовал для раненых воинов сбор продовольствия, духовных книг, икон, посещал их в лазаретах Бахчисарая, Симферополя, Перекопа и др. После взятия Севастополя и возвращения англо-французской эскадры в Одессу Иннокентий с 27 сентября до 3 октября 1855 г. ежедневно совершал там богослужения и произносил проповеди. Когда население стало в панике покидать город, Иннокентий, движимый особым почитанием Касперовской иконы Божьей Матери, накануне праздника Покрова Пресвятой Богородицы приказал созвать колокольным звоном жителей на Соборную площадь и со всем духовенством совершил молебен, осеняя город иконой. 2 октября флот противника ушёл, не причинив городу вреда.