В Спасском храме был устроен одноярусный дубовый иконостас с иконами, написанными на цинке иноками Глинской пустыни. Над царскими вратами находилась икона Нерукотворного образа Спасителя, за правым клиросом – Коневская икона Божьей Матери в позолоченном киоте, а за левым – икона великомученика Пантелеимона в киоте, переданная с Афона. В металлическом ковчеге хранился другой дар Святой Горы – часть Креста Господня и 12 частиц мощей святых. В Богородице-Рождественском соборе, над царскими вратами, в серебряном киоте хранилась чудотворная Глинская икона. За правым клиросом собора в киоте находилась почитаемая икона Нерукотворного образа Спасителя (XVIII в.) в серебряной ризе, перед которой по воскресеньям читался акафист. С 1833 г. в соборе находился кипарисовый ковчег с частицами Креста Господня, ризы Господней и Божьей Матери и 67 частицами мощей различных святых. В Иверском храме, над царскими вратами, находилась Иверская икона Божьей Матери, которой в 1817 г. Феодосий (Маслов) благословил Филарета при вступлении в должность строителя. Икону украшала серебряная позолоченная риза (1 фунт 60 золотников). В Крестовоздвиженской церкви особо почиталась Балыкинская икона Божьей Матери. В 1856 г. император Александр II утвердил совершение ежегодного (с 19 июля по 2 августа) крестного хода с Глинской иконой из Глинской пустыни в город Глухов в память избавления горожан от холерной эпидемии 1848 г. После возведения в 1860 г. храма во имя праведных Иоакима и Анны в Ближнем скиту ежегодно 9 сентября стали совершать крестный ход с иконой в скит. Образ оставался там до окончания литургии. В 1891 г., после многочисленных просьб крестьян, был установлен ежегодный крестный ход с иконой 29 апреля из Глинской пустыни в село Шалыгино. Также в тёплое время года по просьбе богомольцев совершались частные крестные ходы, иногда несколько раз в день. Библиотека пустыни считалась лучшей в Курской епархии. Если в 1802 г. она насчитывала 117 книг, то в 1910 г. – более 2 тыс. литургических, богослужебных и аскетических книг, в том числе сборник «Добротолюбие», «Луг Духовный», «Лавсаик», Прологи, творения святителей Иоанна Златоуста, Василия Великого, Кирилла Иерусалимского, Амвросия Медиоланского, Димитрия Ростовского, Тихона Задонского, Иоанна Дамаскина, Макария Египетского, Ефрема Сирина, аввы Дорофея, Исаака Сирина, Иоанна Лествичника, Нила Сорского, Паисия (Величковского). Благотворительная деятельность, согласно главе 23 устава Глинской пустыни, была непреложным законом для монастыря. По инициативе игумена Филарета в 1823 г. была построена больница, в которой лечили и братию, и паломников. В 1877 г. было построено каменное двухэтажное, а в 1896 г. – каменное трёхэтажное здание больницы. В отчётах о состоянии Курской епархии подчёркивалось, что здание «устроено по коридорной системе, со всеми необходимыми приспособлениями для вентиляции, дезинфекции и отопления… в особой комнате находилась аптека с запасом медикаментов, хирургических инструментов, имелась также сушильня трав, ванна». Больница обеспечивала нуждающихся как стационарным, так и амбулаторным лечением. Если в конце XIX в. ежегодно за медицинской помощью в больницу обращалось 7-10 тыс. богомольцев, то в 1915 г. – 11 тыс. Больные получали бесплатно питание, уход, лекарства, различные медицинские процедуры. Содержание больницы обходилось Глинской пустыни ежегодно более чем в 2 тыс. руб. В XIX–XX вв.