Для увечных солдат были оборудованы столярная, сапожная и швейная мастерские. В Курске на средства епархиальных монастырей был оборудован госпиталь. 20% средств на его содержание обеспечивала Глинская пустынь. На оборудование другого госпиталя (в Знаменской роще Курского монастыря) только в 1914 г. Глинская пустынь пожертвовала более 2 тыс. руб. В 1915 г. в гостинице Глинской пустыни проживало около 60 тыс. беженцев. Они получили 100 тыс. бесплатных обедов на сумму 10 тыс. руб., бесплатно пользовались одеждой, обувью, лекарствами, многим из них были выданы деньги. В 1915–1916 гг. на нужды Красного Креста Глинская пустынь пожертвовала 10 тыс. руб., часть этих денег была направлена на расходы по устройству быта беженцев. В 1915 г. на фронт были направлены иеромонахи обители, в 1915–1916 гг. – 75 послушников. Для нужд походных храмов Глинская пустынь передала в Курскую духовную консисторию ризницу с иконами, книгами и облачениями общей стоимостью до 600 руб. В 1919 г. в Глинской пустыни проживали около 300 насельников, в год её посещали около 60 тыс. паломников. В 1918–1920 гг. у пустыни была отобрана часть земли, в 1921 г. – мельница, в мае 1922 г. изъята часть богослужебной утвари (211 серебряных предметов) «общим весом 11 пудов и пять и 3/4 фунта». В августе-сентябре 1922 г. решением комиссии Путивльского исполкома Глинская пустынь была закрыта. В 1920 гг. все храмы, кроме больничного Крестовоздвиженского, и колокольня были взорваны, имущество было расхищено. Местонахождение Глинской иконы неизвестно, согласно расписке 15 сентября 1922 г., её «взяли» члены церковного совета села Шалыгина. В корпусах Глинской пустыни был образован городок для детей Поволжья, в 1928 г. – сельскохозяйственная артель, реорганизованная в 1934 г. в колхоз «Красный Октябрь» (село Сосновка), в 1936 г. – в промкомбинат по изготовлению сельхозинвентаря. Часть братии перешла в рыльский во имя Николая Чудотворца монастырь, Дранский Успенский и другие монастыри, некоторые служили на приходах, жили у родственников, в ссылке находились схиигумен Андроник (Лукаш), схиархимандрит Серафим (Романцев), схиигумен Николай (Хондарёв), иеросхимонах Иоанн (Примаков), схимонах Симон (Хондошко) и др. Последний настоятель архимандрит Нектарий (Нуждин) жил в Путивле. В августе-сентябре 1942 г., после оккупации Сумской области фашистскими войсками (1941 г.), по ходатайству церковной общины села Сваркова Глинская пустынь была открыта, настоятелем назначен архимандрит Нектарий (Нуждин), с 23 мая 1943 г. – схиархимандрит Серафим (Амелин). С 14 марта 1957 г. настоятелем был архимандрит Таврион (Батозский), с 3 ноября 1958 г. – игумен Феоген (Таран), с 29 июля 1960 г. – игумен Модест (Гамов), с 12 апреля 1961 г. – иеромонах Даниил (Новиков). К концу 1942 г. в Глинской пустыни проживали 12 насельников, в 1943 г. – около 25, в 1952 г. – 60 (34 монаха и 26 послушников).