Среди поступивших в Глинскую пустынь после 1945 г. были опытные подвижники, схииеромонах Оптиной пустыни Паисий (Гришкин), схимонах Новоафонского монастыря Симон (Хондошко), постриженик Святой Горы схимонах Варсонофий (Середа). Старцы окормляли паломников, приезжавших в Глинскую пустынь со всей страны, вели переписку. В 1959 г. в Глинскую пустынь приезжало несколько комиссий по проверке паспортного режима, указом Сумского епископа Иосифа паломникам не разрешалось селиться и питаться в обители. Под давлением властей 13 июля 1961 г. епископ Черниговский Андрей (Сухенко) подписал указ о закрытии Глинской пустыни. Братию разогнали, запретив взять с собой деньги, одежду или продукты. Все помещения Глинской пустыни, инвентарь, топливо, продукты были переданы Сосновскому дому инвалидов (впоследствии психоневрологический интернат). Ризница, 153 иконы, антиминс, престол, библиотека были переданы на хранение в Анастасиевскую церковь Глухова. Среди святынь в ней находится копия чудотворной Глинской иконы. В 1980 гг. постриженик Глинской пустыни схиархимандрит Иоанн (Маслов), исследовав фонды Глинской пустыни в Российском государственном историческом архиве, Российском государственном архиве древних актов, Отделе рукописей Российской государственной библиотеки, Государственном архиве Курской и Сумской областей, частично восстановил архив пустыни (около 4 тыс. единиц хранения), собрал и опубликовал сведения об обители и подвижниках. В 1994 г. Глинская пустынь была возвращена РПЦ, с 12 сентября 1996 г. – ставропигиальная Украинской православной церкви Московского патриархата, наместник – епископ Васильковский Лука (Коваленко). В пустыни проживали 15 человек монашествующей братии. Киевским митрополитом Владимиром (Сабоданом) освящены восстановленные и построенные надвратный храм в честь Иверской иконы Божьей Матери (1999 г.); Никольский храм с колокольней (2001 г.), кельи. В посёлке Ямполь на месте разрушенного был возведён Преображенский храм (2001 г.), при котором открыто подворье. На месте Ближнего скита освящён источник, поставлена часовня в честь праведных Иоакима и Анны (2002 г.). Рядом со скитом восстановлено монастырское кладбище, особо почитается могила монаха Феодота (Левченко). На месте Дальнего скита расчищен источник. В Никольском храме находятся обретённые мощи схиархимандрита Серафима (Амелина), копия Глинской иконы.