Интеллектуальным лидером оппозиционеров был Никифор Григора, объявивший себя противником Григория Паламы ещё в 1346 г. в ответ на обращение императрицы Анны, но державшийся в стороне от полемики между Акиндином и Григорием Паламой. Зимой 1348 г. Григора публично полемизировал с Григорием Паламой в присутствии императора, а в 1350 г. опубликовал свои «Первые антирритики» против святителя – «одно из самых значительных опровержений паламитского богословия за время жизни Паламы». Григорий Палама в 1349–1350 гг., после первых диспутов с Григорой, написал «150 глав, посвящённых вопросам естественнонаучным, богословским, нравственным и аскетическим, предназначенным к очищению от варлаамитской пагубы». В 1351 г. была осознана необходимость нового Собора, и 27 мая он был созван под председательством императора Иоанна VI Кантакузина во Влахернском дворце. В мае–июне состоялись четыре заседания, на которых антипаламиты поначалу выступали в роли обвинителей. Они продолжали полемику, содержащуюся в антипаламитском томосе 1347 г., о богословской терминологии Григория Паламы, о прибавлении к исповеданию веры при епископской хиротонии, содержавшем элементы богословия Григория. На втором заседании, в ходе которого антипаламиты нападали на Григория Паламу по поводу терминологии, было зачитано и снискало всеобщее одобрение «Исповедание веры» святителя. Решающим оказалось четвёртое заседание, на котором были зачитаны томос 1341 г. и отрывки из сочинений св. отцов. Григорий Палама доказал, что писания его противников не согласуются с прочитанным томосом, после чего обвинители оказались в роли обвиняемых. Состоялось чтение Деяний шестого Вселенского собора и августовского томоса 1347 г. Затем все присутствующие исповедали единство Божества и различие между сущностью и нетварными энергиями Божьими. Нераскаявшиеся епископы (в том числе Иосиф Ганский и Матфей Эфесский) были низложены и изгнаны с Собора. В июле состоялся ещё один Собор, на котором были рассмотрены шесть догматических вопросов и обнародован соборный томос 1351 г. Собор принял шесть догматических формулировок: 1) в Боге существует различие между сущностью и энергией; 2) энергия нетварна; 3) это различие не привносит сложности в Боге, поскольку речь идёт не о двух сущностных реальностях, но сущность и энергия принадлежат единому Богу; 4) св. отцы использовали термины «Бог» и «Божество» для обозначения энергий; 5) св. отцы также говорили о сущности, что она превосходит энергию; 6) св. отцы ясно учили о непричаствуемости божественной сущности, но в то же время говорили о реальном участии в божественной жизни или энергии Бога. Соответствующие шесть анафем, входящих и в настоящее время в состав греческой Постной Триоди, по всей видимости, сразу же после Собора, в июле 1351 г., были внесены в Синодик Православия. Осенью 1351 г., после 3-месячного ожидания на Афоне, Григорий Палама занял, наконец, кафедру в Фессалонике. Однако вскоре вследствие возобновления императором Иоанном V Палеологом гражданской войны с Иоанном VI Кантакузином Григорий Палама был вынужден вновь оставить Фессалонику и принять участие в политических событиях.