В результате состоявшегося 8 февраля 1347 г. под председательством императора Иоанна VI Кантакузина и императрицы Анны Собора был обнародован новый томос, подтверждавший соборный томос 1341 г. и подводивший Иоанна XIV Калеку под осуждение, которому в июне 1341 г. подвергся Варлаам. В отношении Акиндина подтверждался приговор июльского Собора 1341 г. 17 мая 1347 г. на пустующий патриарший престол был возведён Исидор Вухир (1347–1350 гг.) после отказа других кандидатов – Григория Паламы и преподобного Саввы Ватопедского. Вновь поставленный патриарх рукоположил 32 новых епископа, сочувствовавших богословским идеям Григория Паламы и подписавших томос 1347 г. 21 мая Исидор Вухир короновал Кантакузина во второй раз, после чего император утвердил патриарха Иерусалимского Лазаря. Той же весной патриарх Исидор поставил Григория Паламу митрополитом Фессалоникийским вместо низложенного Иакинфа. Однако святитель не мог войти в город вплоть до 1350 г., когда Иоанн VI Кантакузин вернул себе контроль над Фессалоникой и одержал победу над «зилотами», которые подняли восстание ещё в 1342 г. и упорно отказывались признавать Иоанна Кантакузина императором. Кроме того, среди населения Фессалоники, по всей видимости, было много сторонников Акиндина. Не имея возможности попасть в Фессалонику, Григорий Палама посетил Афон, где встретился с сербским королём Стефаном Душаном, который привлёк тому времени на свою сторону посредством богатых даров многих афонских монахов и установил в 1345 г. над Афоном сербскую власть. Король Стефан несколько раз беседовал с Григорием Паламой, пытаясь заручиться его поддержкой и обещая пожаловать ему «целые города и области для получения доходов», но тот сохранил верность императору и, более того, встал на защиту прота Нифонта, которого обвиняли в мессалианстве сербские монахи, стремившиеся поставить сербского прота. Тогда Стефан с целью избавиться от Григория Паламы послал его в Константинополь в качестве посредника между ним и византийским двором. После кратковременного пребывания в Константинополе святитель выехал в Фессалонику, но, вновь не получив возможности занять кафедру, отправился «по поручению Великой Церкви» на Лемнос, где посредством проповеди «исправлял грубые варварские нравы тамошнего народа». Весной 1347 г. немногим более 20 епископов выступили против поставления Исидора патриархом. Отмежевавшись от осуждённого Акиндина, они обнародовали томос, в котором низлагали Исидора (поставленного, по их мнению, незаконно с помощью светской власти и совершившего после назначения ряд незаконных низложений) и Григория Паламу, обвиняя их в слежке за оппозиционерами и преследовании их, неблагочестивости, отлучении детей от их родителей под предлогом аскезы (обвинение против проповеднической деятельности Исидора в Фессалонике ещё в бытность его мирянином), «иконоборчестве», отказе от священных предметов. В этом документе также осуждались воззрения и Григория Паламы, и Варлаама с Акиндином (без указания имён) относительно различия божественной сущности и энергий и попытки ввести лжеучение о множестве богов. В августе 1347 г., после безуспешных попыток Исидора привести оппозиционных епископов к повиновению, они были формально низложены патриархом и его синодом (синодальный томос был подписан также Иерусалимским патриархом Лазарем), но не лишены сана: исполнение решения синода было отложено в надежде на их покаяние.