В их глазах (как, например, это было в случае с апостолом Павлом) проповедник Христа являлся «возбудителем мятежа между иудеями, живущими по вселенной» (Деян. 24:5). Они преследовали апостолов, вынуждая их переходить из города в город, подстрекали народ к выступлению против них (Деян. 13:50; 17:5–14). Враги апостолов пытались использовать гражданскую власть в качестве инструмента для подавления миссионерской деятельности христиан, но столкнулись с нежеланием римской власти вмешиваться в конфликт между Ветхим и Новым Израилем. Официальные лица смотрели на него как на внутреннее дело иудеев, считая христиан представителями одного из ответвлений иудейской религии. Так, около 53 г. в Коринфе проконсул провинции Ахайя Луций Юний Галлион (брат философа Сенеки) отказался принять к рассмотрению дело апостола Павла, сказав обвинителям: «Разбирайтесь сами, я не хочу быть судьёй в этом…» (Деян. 18:12–17). Римская власть в этот период не была враждебной ни к апостолу, ни к его проповеди (другие случаи: в Фессалонике – Деян. 17:5–9; в Иерусалиме отношение к Павлу прокураторов Феликса и Феста – Деян. 24:1–6; 25:2). Однако в правление императора Клавдия (41–54 гг.) были предприняты в Риме определённые шаги, направленные против христиан: власти выслали из города «иудеев, постоянно волнуемых Христом». При императоре Нероне (64–68 гг.) случилось первое серьёзное столкновение между церковью и римской властью (его причины и отчасти характер до сих пор остаются предметом дискуссий). Оно было связано с сильным пожаром в Риме, который случился 19 июля 64 г. и уничтожил большую часть Рима. Римский историк Тацит (начало II в.) сообщает («Анналы», 15, 44), что народная молва заподозрила в поджоге самого императора, и тогда Нерон, «чтобы побороть слухи, приискал виновных и предал изощрённейшим казням тех, кто своими мерзостями навлекли на себя всеобщую ненависть, и кого толпа называла христианами». И власти, и народ Рима смотрели на христианство как на «зловредное суеверие» (exitiabilis superstitio), иудейскую секту, адепты которой были повинны «не столько в злодейском поджоге, сколько в ненависти к роду людскому» (odio humani generis). Первоначально были арестованы «те, кто открыто признавали себя принадлежащими к этой секте, а затем по их указаниям и великое множество прочих…» Их жестоко убивали, отдавая на растерзание зверям, распиная на крестах или сжигая живыми «ради ночного освещения». Это гонение было местным (издание Нероном особого закона против христиан ничем не доказывается). Христианские авторы конца I – начала II в. подтверждают предположение, что христиане в Риме в это время всё ещё отождествлялись с иудейскими сектантами. Апостол из семидесяти Климент Римский (ум. в 97, 99 или в 101 г.), по-видимому, рассматривает преследование как результат конфликта общин иудеев и христиан, считая, что «по ревности и зависти величайшие и праведные столпы церкви подверглись гонению и смерти». В таком случае это гонение можно трактовать как реакцию не принявших Христа иудеев, которые, располагая влиятельными покровителями при дворе в лице префекта претория Тигеллина и Поппеи Сабины (второй жены Нерона) «сумели направить злобу черни на ненавистных схизматиков – христианскую синагогу». Жертвами гонения стали первоверховные апостолы Пётр (память 16 января, 29 и 30 июня) и Павел (память 29 июня). Место, образ и время их казни очень рано были зафиксированы в церковном Предании. В конце II в. пресвитер Римской церкви Гай знал о «победном трофее» апостолов (т.е. об их святых мощах), находившихся в Ватикане и на Остийской дороге (местах, где они мученически окончили земную жизнь). Апостол Пётр был распят на кресте вниз головой, апостол Павел, как римский гражданин, обезглавлен (Ин 21:18–19). Исследователи отмечают: в отношении времени мученичества апостола Петра церковный историк Евсевий Кесарийский (около 263 – 340 гг.) датирует его 67/68 г., вероятно, из-за того, что пытается обосновать 25-летнее пребывание апостола в Риме, начиная с 42 г. Время же смерти апостола Павла ещё более неопределённо. Тот факт, что его казнили как римского гражданина, позволяет им считать, что экзекуция произошла в Риме или до пожара (в 62 г. – Болотов), или через несколько лет после него. Кроме апостолов в числе жертв первого гонения в Риме известны мученицы Анатолия, Фотида, Параскева, Кириакия, Домнина (память 20 марта), Василисса и Анастасия (память 15 апреля).