Апостол Иоанн Богослов был доставлен в Рим, где засвидетельствовал веру перед императором, и был сослан на о-в Патмос. Преследование коснулось и христиан Палестины. Согласно историку Игисиппу (II в.), чьё известие сохранил Евсевий Кесарийский, император Домициан предпринял расследование относительно потомков царя Давида – родственников Христа по плоти. Плиний Младший в письме императору Траяну (датируется традиционно около 112 г.) сообщает о христианах в провинции Вифиния, которые отреклись от веры за 20 лет до его времени, что также может быть связано с гонением Домициана. При императоре Траяне (98–117 гг.) начался новый период отношений между церковью и Римским государством. Именно этот государь, не только талантливый полководец, но и прекрасный администратор, которого современники и потомки считали «лучшим императором» (optimus princeps), сформулировал первое дошедшее до настоящего времени юридическое основание для преследования христиан. Среди писем Плиния Младшего содержится не только его запрос к Траяну о христианах, но и ответное послание императора, рескрипт – документ, который на полтора столетия определил отношение римской власти к новой религии. Плиний Младший, около 112–113 гг. направленный Траяном в качестве экстраординарного легата в Вифинию (северо-запад Малой Азии), столкнулся со значительным числом христиан. Он признавался, что ранее никогда не участвовал в судебных разбирательствах, связанных с христианами, но, соприкоснувшись с ними, он уже рассматривал их как виновных и подлежащих наказанию. Но он не знал, что вменять им в вину – исповедание христианства или какие-то, возможно, связанные с ним преступления. Не проводя специального разбирательства, используя лишь процедуру дознания (cognitio), состоявшую в трёхкратном допросе обвиняемых, Плиний осуждал всех, кто упорно придерживались христианства, к смерти. Он писал: «Я не сомневался, что, в чём бы они ни признались, их следовало наказать за непреклонную закостенелость и упрямство». Вскоре к нему стали поступать анонимные доносы, которые на поверку оказались ложными. На этот раз некоторые из обвиняемых признавались, что когда-то они были христианами, но из них кто уже три года, а кто и 20 лет как отошёл от этой веры. Такое объяснение, по мнению Плиния, давало право на снисхождение к ним, даже если кто-то и был повинен в преступлении. Для доказательства невиновности он предложил обвиняемым ритуальные испытания: воскурение фимиама и возлияние вина перед изображением римских богов и императора, а также произнесение проклятия Христу. Бывшие христиане рассказывали, что они сходились в определённый день перед восходом солнца и воспевали гимны Христу как Богу. Кроме этого, они были связаны клятвой не совершать преступлений: не воровать, не прелюбодействовать, не лжесвидетельствовать, не отказываться от выдачи доверительных сведений. После собрания они участвовали в совместной трапезе, которая включала обычную пищу. Все это опровергало обвинения в чёрной магии, кровосмешении и детоубийстве, традиционно выдвигавшиеся чернью против первых христиан. Для подтверждения такой информации Плиний под пыткой допросил двух рабынь, называвшихся «служительницами» (диаконисами – ministrae), и «не обнаружил ничего, кроме безмерного уродливого суеверия», терпеть которое недопустимо. В затянувшемся процессе над христианами было выяснено, что множество как городских, так и сельских жителей провинции оказались «заражены вредным суеверием». Плиний приостановил расследование и обратился к императору с вопросом: наказывать ли обвиняемых только за то, что они называют себя христианами, даже если нет иных преступлений, или только за преступления, связанные с именованием себя христианами; прощать ли за раскаяние и отречение от веры и учитывать ли возраст обвиняемых? В запросе также отмечалось, что не слишком жёсткие меры к христианам возымели своё действие: языческие храмы стали вновь посещать, увеличился спрос на жертвенное мясо. В рескрипте Траян поддержал своего наместника, но предоставил ему свободу действий, т.к. для такого рода дел «установить общее определённое правило невозможно». Император настаивал, чтобы действия в отношении христиан находились в рамках строгой законности: власть не должна брать на себя инициативу по розыску христиан, анонимные доносы строго запрещались, при открытом обвинении упорствующих христиан император приказывал казнить без различия возраста за одно то, что называли себя христианами, отпуская на свободу всякого, кто открыто отречётся от веры.