Регистрация уставов религиозных объединений была передана в компетенцию республиканского Министерства юстиции и его органов на местах, а не была оставлена в ведении местных исполкомов, как это предусматривалось союзным законодательством. Позднее аналогичные российскому законодательные акты появились и в других союзных республиках – на Украине, в Туркменистане, Узбекистане и Армении. При разработке нового законодательства без решения остался вопрос о возвращении религиозным организациям их культовых зданий. За религиозными организациями не было закреплено исключительное право на передачу недвижимого имущества религиозного назначения, поэтому значительная часть культовых зданий на долгие годы оказалась занятой посторонними пользователями, а в некоторых случаях приватизированной светскими организациями и частными лицами. В стране были созданы все условия для свободного исповедания и свободной деятельности религиозных организаций. Право на регистрацию получили прежде запрещённые в СССР культы. В частности, в марте 1991 г. Министерством юстиции РСФСР был зарегистрирован Управленческий Центр свидетелей Иеговы в СССР (см. Иеговы свидетели), в мае того же года регистрацию получила Церковь Иисуса Христа святых последних дней (мормоны). В стране происходило бурное и бесконтрольное распространение многочисленных нетрадиционных религиозных движений различного толка (неохристианские, неоориенталистские, синкретические, оккультно-мистические и неоязыческие). Этому способствовала активная деятельность иностранных миссионеров при полном попустительстве государственных властей, отказавшихся от какой бы то ни было защиты традиционных религиозных конфессий во время глубокого идеологического и культурного кризиса. Не находили должного отпора со стороны государственных органов и проявления религиозного экстремизма, попытки использования религиозных лозунгов для разжигания межнациональной розни, что стало одним из следствий резкого ослабления самого государства. В условиях падения собственного авторитета среди населения М.С. Горбачёв искал поддержку у основных религиозных конфессий. 13 марта 1991 г., перед референдумом о сохранении СССР как единого государства, М.С. Горбачёв встретился с инициативной группой глав и представителей церквей и религиозных объединений Советского Союза: патриархом Алексием II (Ридигером), предстоятелями старообрядческих церквей, председателями Всесоюзного Совета Церквей адвентистов седьмого дня и Совета Союза Евангельских христиан-баптистов, главами духовных управлений мусульман Европейской части СССР и Сибири, Средней Азии и Казахстана, представителями Всесоюзного совета еврейских религиозных организаций и Центрального духовного управления буддистов СССР. Инициативная группа поддержала усилия М.С. Горбачёва по сохранению целостности СССР. В то же время Русская православная церковь осуждала насильственные методы поддержания государственной целостности СССР. Патриарх Алексий II (Ридигер) назвал большой политической ошибкой и грехом применение военной силы в Литве в январе 1991 г. Во время событий 19–21 августа 1991 г. в Москве Русская православная церковь обратилась с призывом ко всему народу проявить выдержку и не допустить кровопролития. При этом православная церковь поставила под сомнение законность ГКЧП и заявила о необходимости услышать голос отстранённого от власти М.С. Горбачёва. После благополучного разрешения ситуации патриарх Алексий II (Ридигер) в приветственной телеграмме выразил удовлетворение в связи с возвращением М.С. Горбачёва к обязанностям Президента СССР. Провал попытки государственного переворота был воспринят православной церковью как окончательное завершение исторического периода, начавшегося в 1917 г.