8 декабря 1991 г. руководители Российской Федерации, Украины и Белоруссии выступили с декларацией о создании Содружества Независимых Государств (СНГ) и констатировали прекращение существования СССР как государственного образования. 21 декабря представители 11 республик, входивших в СССР, подписали протокол об учреждении СНГ. 25 декабря М.С. Горбачёв объявил о своей отставке с поста Президента СССР. С января 1992 г. занимает пост Президента Международного фонда социально-экономических и политологических исследований (Горбачёв-фонд). В 2005 г. за вклад в прекращение холодной войны и утверждение религиозной свободы удостоен премии за права человека имени Константинопольского патриарха Афинагора, ежегодно присуждаемой Американской архиепископией Константинопольского патриархата в США. В том же году М.С. Горбачёв пожертвовал крупную сумму на ремонт храма в селе Привольном и передал местному церковному приходу родительский дом. Религиозная политика в СССР в 1985–1991 гг. была неотъемлемой частью общеполитического курса, проводимого М.С. Горбачёвым, и эволюционировала в соответствии с его развитием, что позволяет исследователям условно выделить в ней несколько периодов. В 1985–1987 гг. религиозная политика, в основном, следовала линии, характерной для правления Леонида Ильича Брежнева и последующих руководителей СССР, т.е. была направлена на полный контроль партийно-государственного аппарата за религиозной жизнью. С 1988 г. начинается смена приоритетов религиозной политики, переход Советского государства к признанию религиозных прав граждан и лояльному отношению к церкви. Итогом этого периода стало принятие осенью 1990 г. Закона СССР «О свободе совести и религиозных организациях», после чего в стране сложилась принципиально новая система государственно-церковных отношений. Заявленный в начальном периоде руководства М.С. Горбачёва курс на «перестройку» не предполагал отказа от основополагающих принципов советской системы, в том числе и по отношению к религии. Религиозные убеждения по-прежнему воспринимались как предрассудок, ставились задачи по усилению атеистической работы. В 1985 г. было принято решение рассылать Информационный бюллетень Института научного атеизма не только в областные, но и в районные комитеты партии, тираж издания был увеличен в двадцать раз. Принятая в 1986 г. новая редакция Программы КПСС декларировала, что формирование научного мировоззрения и атеистическое воспитание являются важными задачами в области идейно-воспитательной работы. Проводившаяся РПЦ с начала 1980 гг. подготовка к празднованию 1000-летия Крещения Руси стала поводом для последней в истории СССР атеистической кампании по «разоблачению заслуг Русской Православной Церкви в формировании русской культуры и государственности». В сентябре 1985 г. Секретариатом ЦК КПСС было принято секретное постановление «О противодействии зарубежной клерикальной пропаганде в связи с 1000-летием введения христианства на Руси», в котором подчёркивалась отрицательная роль христианства как разновидности религиозно-идеалистического мировоззрения, оправдывавшей социальную несправедливость.