1 декабря 1989 г. состоялась встреча М.С. Горбачёва с папой Римским Иоанном Павлом II, в ходе которой были достигнуты договорённости об установлении официаоьных отношений между СССР и Ватиканом и о восстановлении в СССР структур католической церкви. Были учреждены апостольские администрации для европейской и азиатской частей России, Украины, Белоруссии, Казахстана. Число римско-католических приходов в СССР достигло 1286. С осени 1989 г. на Украине в условиях обострения межнациональных отношений и активизации националистических организаций массовый характер приняли захваты униатами православных храмов. В январе 1990 г. Украинская греко-католическая церковь получила в СССР легальный статус. Несмотря на неоднократные обращения Русской православной церкви, в том числе и лично к М.С. Горбачёву, к лету того же года при потворстве местных властей большинство православных храмов в западных областях Украины было захвачено греко-католиками. Лютеранская церковь в СССР в 1985 г. насчитывала 580 приходов, в основном, находившихся в Эстонии и Латвии. Лютеранские священнослужители принимали активное участие в движениях за полный суверенитет Эстонии и Латвии и их выход из СССР, что привело к отстранению части пасторов от церковной службы. Из-за увольнения большинства преподавателей на время был закрыт теологический институт в Риге. Весной 1989 г. Синод Евангелическо-лютеранской церкви Латвии избрал новое церковное руководство и, ссылаясь на изменившиеся политические условия, потребовал от государства прекратить вмешательство во внутренние дела своих общин. Позднее такие же изменения произошли в Евангелическо-лютеранской церкви Эстонии. К 1990 г. число зарегистрированных лютеранских приходов выросло до 619. С 86 до 94 увеличилось к 1990 г. количество приходов Реформатской церкви в Литве и на территории Закарпатской области Украины. В середине 1980 гг. в СССР насчитывалось 53 зарегистрированные и около сотни незарегистрированных общин меннонитов, объединявших этнических немцев. С началом массовой эмиграции советских немцев число зарегистрированных меннонитских общин практически не изменилось (55 в 1990 г.) и в дальнейшем стало сокращаться. Оставшиеся меннониты примкнули к баптистам. В 1985 г. в СССР насчитывалось 2294 религиозные общины, входившие во Всесоюзный совет евангельских христиан-баптистов (ВСЕХБ). С 1986 г. были прекращены репрессии в отношении членов отделившегося от ВСЕХБ Совета Церквей евангельских христиан-баптистов (СЦЕХБ; см. ст. Инициативники), через два года его деятельность была легализована. В 1990 г. ВСЕХБ был преобразован в СЕХБ (Союз евангельских христиан-баптистов); общая численность зарегистрированных общин баптистов составила 2151. Снижение числа общин баптистов исследователи объясняют выходом из ВСЕХБ части общин пятидесятников, ранее включённых туда под давлением властей. Количество зарегистрированных религиозных общин пятидесятников выросло с 235 до 602. Число объединений адвентистов седьмого дня увеличилось в 1985–1990 гг. с 342 до 432. Ислам, вторая по числу верующих религия в стране, увеличил количество зарегистрированных религиозных организаций почти в три раза. Если в 1985 г. в СССР было всего 392 зарегистрированные мечети, то в 1990 г. их насчитывалось уже 1103. В августе 1989 г. в Татарской АССР и Башкирской АССР прошли торжества, посвящённые 1100-летию принятия мусульманства Волжской Булгарией и 200-летию Духовного управления мусульман Европейской части СССР и Сибири.