В ответ на развёрнутую в западных странах кампанию по защите свободы совести в СССР ЦК КПСС в марте 1986 г. принял постановление «О мерах по противодействию клеветнической клерикальной зарубежной пропаганде в связи с 70-летием Великой Октябрьской социалистической революции», в котором указывалось на необходимость тщательного контроля за деятельностью религиозных организаций. Особую активность в этот период проявлял четвёртый отдел пятого Управления КГБ СССР, утверждавший перечень основных агентурно-оперативных мероприятий по подготовке к 1000-летию Крещения Руси. Предпринимаемые со стороны церкви попытки поставить вопрос о необходимости коренных изменений в сфере государственно-церковных отношений не находили понимания у руководителей государства. 17 декабря 1985 г. в адрес М.С. Горбачёва было направлено письмо управляющего делами Московской патриархии Таллиннского митрополита Алексия (Ридигера, впоследствии Патриарх Московский и всея Руси Алексий II) с предложением о пересмотре устаревшего законодательства о религиозных объединениях. Ответом на это обращение было указание Совета по делам религий при Совете Министров СССР, что подобные вопросы церкви поднимать не следует. Совет по делам религий оставался главным органом, осуществлявшим официальную политику Советского государства в отношении религиозных объединений. В 1984–1989 гг. председателем Совета был Константин Михайлович Харчев, сменивший на этом посту Владимира Алексеевича Куроедова. Деятельность Совета была подчинена высшим партийным и государственным органам, большую роль играли власти республик, краёв и областей, которые в значительной степени определяли религиозную политику на своих территориях. До 1987 г. на местах использовались административные меры воздействия на религиозные организации, проходили судебные процессы над верующими, им отказывали в регистрации своих объединений, запрещался ремонт храмов и молитвенных домов. По-прежнему религиозная вера могла послужить причиной увольнения с работы или исключения из учебных заведений. Государство всеми способами пыталось сдержать рост числа религиозных объединений. За 1985–1987 гг. в СССР было зарегистрировано всего 236 новых религиозных обществ, в том числе 29 новых приходов Русской православной церкви, 65 общин баптистов, 47 пятидесятников и 30 адвентистов. Тем не менее, уже в первый период правления М.С. Горбачёва наметились определённые улучшения государственно-религиозных отношений, связанные с общим изменением общественной ситуации в стране. Развитие «гласности» вело к переосмыслению истории СССР. В фокусе общественного внимания оказались проблемы политических репрессий во время правления Иосифа Виссарионовича Джугашвили (Сталина), в том числе касавшиеся и верующих. В СМИ сформировалось новое отношение к Русской православной церкви и другим религиозным организациям, их месту в стране и обществе. Среди освобождённых по объявленной в 1987 г. амнистии были и лица, осуждённые в связи с их религиозной деятельностью. В конце того же года Русской православной церкви были возвращены Оптина Макариева в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы мужская пустынь и Толгский ярославский в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы женский монастырь.