Собор указал на недопустимость подобного положения, фактически повторявшего дискриминационную в отношении церкви позицию постановления ВЦИК и СНК РСФСР «О религиозных объединениях» 1929 г. Патриарх Алексий II (Ридигер) довёл до сведения М.С. Горбачёва критическое отношение церкви к проекту закона о религиозных организациях, что способствовало достижению договорённости об участии представителей Русской православной церкви и других религиозных объединений в дальнейшей работе над законопроектом. В окончательном варианте Закон СССР «О свободе совести и религиозных организациях» был принят 1 октября 1990 г. Церковь получила должную правовую основу своей деятельности и приобрела правоспособность юридического лица. По статье 13 Закона впервые с 1918 г. права юридических лиц были утверждены за отдельными приходами и церковными учреждениями, в том числе и за патриархией. Согласно ст. 18, религиозные организации признавались собственниками зданий, предметов культа, объектов производственного, социального и благотворительного назначения, денежных средств и иного имущества, необходимого для осуществления их деятельности. Статья 6 открывала юридическую возможность для религиозного воспитания детей. Религиозные организации получили право заниматься производственной и хозяйственной деятельностью, учреждать благотворительные и социальные заведения, беспрепятственно публиковать и распространять религиозную литературу, направлять граждан за границу для паломничества, обучения и участия в религиозных мероприятиях. С принятием этого Закона в СССР был положен конец тотальному государственному контролю за деятельностью религиозных организаций. Атеизм официально переставал быть государственной политикой, государство отказалось от финансирования атеистической пропаганды. Был фактически ликвидирован Совет по делам религий. Согласно статье 29, Совет сохранялся как информационный и консультативно-экспертный государственный орган, но был лишён властных полномочий: права принятия решения о регистрации и снятии с регистрации религиозных организаций, а также права контроля за соблюдением законодательства в сфере вероисповедания. Постановлением Верховного Совета СССР от 1 октября 1990 г. о введении Закона в действие был упразднён институт уполномоченных Совета по делам религий, т.е. его исполнительные органы на уровне республик, краёв и областей. Тем же постановлением Верховный Совет СССР поручал Совету Министров СССР утвердить новое положение о Совете по делам религий. Однако оно так и не было принято, хотя формально Совет по делам религий просуществовал до конца 1991 г. Разработка Закона СССР «О свободе совести и религиозных организациях» проходила в период противостояния М.С. Горбачёва с избранным в 1990 г. Председателем Верховного Совета РСФСР Борисом Николаевичем Ельциным. В Верховном Совете РСФСР разрабатывался собственный Закон «О свободе вероисповеданий», который был принят 25 октября 1990 г. Российское законодательство пошло дальше союзного по пути преодоления прежних ограничений на деятельность религиозных организаций. Сохранённый в Законе СССР государственный орган по делам религий в Законе РСФСР упразднялся и заменялся экспертно-консультативным советом при парламентском Комитете по свободе совести. Также в российском Законе вводилась норма, разрешавшая преподавание в государственных образовательных учреждениях религиозных дисциплин, имеющих информационный характер.