В 1988 г. произошли кардинальные перемены в государственно-церковных отношениях. У руководства страны росло понимание необходимости пересмотра существовавшей системы государственно-религиозных отношений в соответствии с новой политической реальностью, но пока основы религиозной политики КПСС не подвергались сомнению. В начале года в программной статье К.М. Харчева, приуроченной к 70-летию декрета об отделении церкви от государства, подчёркивалось, что все эти десятилетия «партия и государство, руководствуясь ленинскими принципами, проводили в целом верный курс в отношении религии, церкви и верующих». Вместе с тем в статье осуждались применявшиеся ранее по отношению к церкви «волюнтаристские, административно-командные, запретительно-ограничительные меры»; признавалось, что репрессии 1930 гг. отрицательно сказались на проведении религиозной политики, результатом чего было массовое закрытие молитвенных зданий, произвол в отношении служителей культа, игнорирование законных прав верующих. Осуждалась также и предшествовавшая правлению М.С. Горбачёва эпоха «застоя», когда «имел место разрыв между реальной религиозной обстановкой и лакированным представлением о ней». В марте 1988 г. в докладе председателя Совета по делам религий в Высшей партийной школе был обозначен переход от господствовавших прежде представлений об «угасании религиозной жизни» к признанию факта, что «в настоящее время в Советском Союзе тенденции к снижению религиозности нет». «По нашей воле или против, – объяснял К.М. Харчев, – но религия входит в социализм, и даже не входит, а въезжает по рельсам. И так как власть полностью принадлежит нам, то, я думаю, в наших силах направить эти рельсы в ту или иную сторону в зависимости от наших интересов». 29 апреля 1988 г. по инициативе К.М. Харчева состоялась встреча М.С. Горбачёва с патриархом Пименом (Извековым) и членами Синода Русской православной церкви, в ходе которой руководитель СССР заявил о разработке нового закона о свободе совести, отражающего интересы и религиозных организаций. Это, по словам М.С. Горбачёва, явилось реальным плодом нового подхода к государственно-церковным отношениям в условиях перестройки и демократизации общества. Сохранение, по признанию М.С. Горбачёва, принципиальных мировоззренческих различий между Советским государством и церковью не должно было препятствовать их сотрудничеству в деле гуманистического и нравственного оздоровления общества. Встреча М.С. Горбачёва с патриархом Пименом (Извековым) открыла путь к празднованию 1000-летия Крещения Руси как общенационального события. На проводившемся в рамках празднований поместном юбилейном Соборе Русской православной церкви 6–9 июня 1988 г. был принят Устав об управлении Русской православной церковью, который должен был исправить ситуацию, сложившуюся с 1961 г., когда под давлением властей в период руководства Никиты Сергеевича Хрущёва в «Положение об управлении РПЦ» были внесены изменения, фактически отстранившие духовенство от руководства приходами. Совет по делам религий не возражал против норм, возвращавших настоятелей к административному руководству приходами. Новый устав давал возможность очистить приходские советы от лиц, внедрённых для государственного контроля над церковной жизнью. На Соборе была совершена канонизация русских святых в Русской православной церкви.