В наше время представители церкви отрицают вину епископа Кирилла в трагической гибели Гипатии. Александр Леонидович Дворкин в «Очерках по истории Вселенской Православной Церкви» указывает на отсутствие документальных источников, подтверждающих версию об ответственности св. Кирилла за гибель Гипатии: «Многие историки обвиняют в этом Кирилла, но нет ни малейших доказательств того, что это убийство произошло с его ведома и одобрения. Скорее всего, нет, ибо, при всём своём горячем темпераменте, он был против ничем не спровоцированного самосуда толпы». Александр Владимирович Мень отмечает, что «Кирилл не был непосредственным виновником этих преступлений, но нитрийцы ссылались на его авторитет». Церковный историк, преподаватель исторического факультета Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета Георгий Захаров заявил, что обвинения Кирилла Александрийского в подстрекательстве к убийству Гипатии не подтверждаются источниками. В 1935 г. Международный астрономический союз присвоил имя Гипатии кратеру навидмомй стороне Луны. В честь Гипатии назван астероид (238) Гипатия, открытый в 1884 г. В 1720 г. английский философ Джон Толанд посвятил Гипатии один из очерков своего «Тетрадима», характеризуя свою героиню, как «… добродетельнейшую, учёнейшую и достойнейшую даму, разорванную на куски александрийским духовенством, чтобы удовлетворить гордость, завистливость и жестокость своего архиепископа, обычно, но незаслуженно называемого святым Кириллом». Против очерка Джона Толанда резко выступил Томас Льюис, называвший Гипатию «самым бесстыдным школьным преподавателем Александрии». О Гипатии писал Вольтер. Чтобы яснее представить читателю облик Гипатии, он переносит александрийскую трагедию в современный ему Париж, где кармелитские монахи якобы растерзали некую парижскую красавицу за то, что она предпочитала Гомера поэме кармелита, посвящённой Магдалине. Французский писатель XIX в. Леконт де Лиль в стихотворении изображает Гипатию настоящим символом погибавшей эллинской культуры, последним воплощением «духа Платона и тела Афродиты». Знаменитый английский писатель Чарльз Кингсли посвятил ей роман «Гипатия» (1853 г.). Фриц Маутнер в романе «Гипатия» (1892 г.) изобразил свою героиню последовательницей императора Юлиана Отступника, восставшего против Христа. Писатель даже выдвинул версию, будто Юлиан присутствовал при колыбели учёной и назвал её в честь Зевса Ипата. Олдос Хаксли использует сравнение с Гипатией в романе «Контрапункт»: «Очень мила, но далеко не Гипатия». Гипатия (Ипатия) – один из главных персонажей повести украинского писателя Олеся Бердника «Прометей» (1970–1971 гг.). Астрофизик и популяризатор науки Карл Саган в книге «Космос» подробно останавливается на истории гибели Гипатии, связываемой им с разгромом Александрийской библиотеки. В романе Умберто Эко «Баудолино» описывается загадочное племя гипатий, они являются последовательницами Гипатии. Племя состоит из одних женщин, которые отличаются невероятной красотой и умом. Они утверждают, что являются потомками учениц Гипатии, которые после её смерти бежали из Александрии. В 2009 г. режиссёр Алехандро Аменабар снял высокобюджетный фильм «Агора», рассказывающий историю Гипатии. Роль Гипатии исполнила Рэйчел Вайс. В 2015 г.  проект американца Роберта МакКланга Telergy выпустил альбом «Гипатия (Hypatia)», который рассказывает о трагической судьбе Гипатии Александрийской. В декабре 2015 г. после народного голосования на сайте международного астрономического союза экзопланету, вращающуюся вокруг звезды Эдасих (Йота Дракона) и известную как Йота Дракона b, было решено назвать Гипатией (Hypatia).