Два года спустя Кирилл отменил закон, поставивший парабаланов под контроль Ореста, и к началу 420 гг. Кирилл стал доминировать в Александрийской церкви. Это и последующие события нанесли большой удар по культуре в городе, муниципальная оппозиция была запугана, Орест отошёл от активной политики. Некоторые простолюдины шумно радовались избавлению города от скверны (колдовства), сравнивая это событие с разрушением Серапеума в 391 г., однако здесь погиб лишь один человек, а волны убийств, которая могла бы настигнуть каждого, большинство александрийцев не хотело. Христианский историк Сократ Схоластик непосредственную вину в смерти Гипатии возлагает на «некоего чтеца Петра»: «Так как она очень часто беседовала с Орестом, её обращение с ним подало повод к клевете [в церковном народе], будто бы она не дозволяла Оресту войти в дружбу с Кириллом. Посему люди с горячими головами, под начальством некоего [чтеца] Петра, однажды сговорились и подстерегли эту женщину. Когда она возвращалась откуда-то домой, они стащили её с носилок и привлекли к церкви, называемой Кесарион, потом, обнажив её, умертвили черепками, [разорвали на части], а [куски] тела снесли на место, называемое Кинарон, и там сожгли. Это причинило немало скорби [позора] и Кириллу, и александрийской церкви, ибо убийства, распри и все тому подобное совершенно чуждо мыслящим по духу Христову. Упомянутое событие произошло в четвёртый год епископства Кирилла, в десятый консульства Гонория и шестой Феодосия, в месяце марте, во время поста». В большинстве из сохранившихся письменных источников об этом событии ни один из авторов не выражает радости по поводу произошедшего. Но, например, Иоанн Никиусский открыто восхвалял убийцу Гипатии чтеца Петра как «превосходного во всех отношениях последователя Иисуса Христа». Несмотря на слова Сократа Схоластика об ответственности чтеца Петра, позднейшие авторы вину за смерть Гипатии часто возлагают на Кирилла Александрийского (отца церкви, канонизированного святого). О Гипатии всё ещё помнили в поздней Византии. Историк и поэт Никифор Каллист Ксанфопул (XIV в.) посвятил Гипатии отдельную главу в своей «Церковной истории». И хотя здесь Каллист Ксанфопул следует, в основном, Сократу Схоластику (по рассказу которого Гипатия «превзошла современных себе философов»), от себя Никифор добавил, что Ипатия превзошла даже всех задолго прежде неё бывших философов. А историк и богослов Никифор Григора (XIV в.) в своей «Истории ромеев», желая подчеркнуть достоинства знатной ромейской аристократки, рассказал, что «самые учёные мужи называли её пифагорейкой Феано и новой Ипатией». Краткие сведения о Гипатии дошли и до древнерусского читателя. Так, отрывок о ней из «Хронографии» Иоанна Малалы сохранился в древнерусском переводе (в «Летописце Еллинском и Римском): «Сии же Федосии създавь въ Александрии церковь велику, имущю поприще, яже и донынѣ нарицается Федосиева, и любляше бо Кирила, архиепискупа александрьскаго. И приимше дръзновение от епискупа, александрѣистии гражданѣ ужгоша хврастиемь власть вземше въ царство его Упатию, словущу философицу, о неиже великая глаголахуся: бѣ бо стараа жена». По сведениям священника Тимофея Ивановича Лященко, существует мнение, что сообщение Сократа Схоластика содержит намёки на вину архиепископа Кирилла, но он побоялся открыто назвать его имя. В ответ Т.И. Лященко возражает, что в других случаях Сократ не боялся приписывать Кириллу небезупречные деяния, а реакция Кирилла не могла привести к серьёзным последствиям для жителей Константинополя.