Тем не менее, Орест остался равнодушен к подобным жестам. Для помощи Кириллу в Александрию прибыли монахи из Нитрийской пустыни. Конфликт обострился, вспыхнул бунт, в котором парабаланы, отшельники из египетской пустыни, чуть не убили Ореста обвинив его в том, что он тайный язычник. Орест отверг обвинения, сказав, что он был крещён архиепископом Константинопольским. Монахи не поверили ему, и один из них по имени Аммоний в ответ бросил камень в Ореста, попав ему в голову. В наказание Орест приказал схватить Аммония, его публично пытали до самой смерти. Кирилл представил события с противоположной стороны, и при похоронах Аммония он назвал его Фавмасием, что указывало на мученическую кончину, но христиане в Александрии были возмущены этим, т.к. Аммоний был убит за подстрекательство к мятежу и попытку убить префекта, а не за его веру. Видные александрийские христиане вмешались и вынудили Кирилла оставить это дело. В итоге Кирилл предал память Аммония забвению. Тем не менее, вражда Кирилла с Орестом набирала обороты. Орест часто обращался за советом к Гипатии, поскольку она была хорошо известна как среди язычников, так и среди христиан, не участвовала ни в каких предыдущих стадиях конфликта, у неё была безупречная репутация мудрого советника. Современные историки полагают, что Орест развивал свои отношения с Гипатией, чтобы укрепить связь с языческой общиной Александрии, как он это делал с еврейской общиной, чтобы лучше управлять бурной политической жизнью египетской столицы. Но потом неожиданно против Гипатии поднялась волна обвинений в чародействе. Сократ Схоластик упоминает слухи, обвиняющие Гипатию в том, что она помешала Оресту помириться с Кириллом. Следы других слухов, распространявшихся среди христианского населения Александрии, исследователи встречают в трудах египетского коптского епископа VII в. Иоанна Никиусского, который утверждает в своей «Хронике», что Гипатия занималась колдовством и что она околдовывает Ореста и направляет его политику: «И в те дни в Александрии появилась женщина-философ, язычница по имени Гипатия, и она была предана во все времена магии, астрологии и музыкальным инструментам, и она соблазнила многих людей своими чародейскими уловками. И правитель города чрезвычайно почитал её, ибо она обольстила его своей магией. И он перестал посещать церковь, как это было у него в обычае... И он не только сделал это, но и привлёк к ней многих верующих, и сам принял неверующих в своём доме». Согласно Сократу Схоластику, во время Великого поста в марте 415 г. «люди с горячими головами» под предводительством некого чтеца по имени Пётр, заранее сговорившись, подстерегли женщину при возвращении домой и напали на экипаж Гипатии. Беснующаяся толпа стащила её с носилок и притащила опозоренную и избитую к центральной церкви Кесарион, которая раньше была языческим храмом и центром царского и римского имперского культа в Александрии, который был преобразован в христианскую церковь и получил значение кафедрального собора Александрии. Здесь с неё сорвали одежду и жестоко умертвили, заживо сдирая с неё плоть до костей черепками от керамической посуды. Неоплатоник Дамаский добавляет, что они также вырезали ей глаза. Они разорвали её тело на куски и затем останки протащили по улицам таким образом, как поступили бы с самыми гнусными преступниками (в Александрии существовал обычай протаскивать тела преступников за город и бросать их за чертой города). Однако в этом случае останки Гипатии демонстративно сожгли в месте, называемом Кинарон, проводя таким способом символическое очищение города.