Хотя Сократ Схоластик никогда прямо не называет убийц Гипатии, обычно считается, что они были членами парабаланов. Кристофер Хаас оспаривает эту идентификацию, утверждая, что убийцы, скорее всего, были «толпой александрийских мирян». Впрочем, как у некоторых современников тех событий, так и у современных исследователей возникали сомнения в причастности христиан к этому убийству, т.к. по форме оно напоминало обычное языческое жертвоприношение. Сам же Кирилл неоднократно высказывался против насильственного решения религиозных противоречий. Сократ Схоластик представляет убийство Гипатии как полностью политически мотивированное и не упоминает о какой-либо роли, которую язычество могло сыграть в её смерти. Вместо этого он рассуждает, что «она стала жертвой политической ревности, которая в то время преобладала. Поскольку она часто беседовала с Орестом, среди христианского населения ходили клеветнические слухи, что именно она помешала Оресту примириться с епископом». Сократ Схоластик недвусмысленно осуждает действия толпы, заявляя: «Конечно, ничто не может быть дальше от духа христианства, чем допущение резни, драк и дел такого рода». Он пишет, что убийство Гипатии людьми «с горячими головами под начальством некоего Петра <…> причинило немало скорби и Кириллу, и александрийской Церкви, ибо убийства, распри и все тому подобное совершенно чуждо мыслящим по духу Христову». Канадский математик Ари Беленький утверждал, что Гипатия, возможно, была вовлечена в спор о дате христианского праздника Пасхи 417 г., и что она была убита в день весеннего равноденствия во время астрономических наблюдений. Классические учёные Алан Камерон и Эдвард Уоттс отвергают эту гипотезу, отмечая, что ни в одном древнем тексте нет абсолютно никаких свидетельств, подтверждающих какую-либо часть этой гипотезы. Смерть Гипатии вызвала шоковые волны по всей империи; на протяжении веков философы считались фактически неприкасаемыми во время демонстраций общественного насилия, которые иногда происходили в римских городах, а убийство женщины-философа от руки толпы рассматривалось как «глубоко опасное и дестабилизирующее». Хотя никаких конкретных доказательств, связывающих Кирилла с убийством Гипатии, так и не было обнаружено, широко распространилось мнение, что это был его приказ. Александрийская церковь и весь клир был встревожен данными событиями и послал посольство в Константинополь. Советники Феодосия II начали расследование данного убийства. Также целью расследования было определить, был ли причастен к данному убийству Кирилл, и какова была или не была его роль в содеянном преступлении. Расследование привело к тому, что императоры Гонорий и Феодосий II усомнились в способности Кирилла контролировать парабаланов и издали осенью 416 г. указ, который лишил власти Кирилла над парабаланами и передал управление над ними префекту Оресту. Эдикт запрещал парабаланам посещать «любое публичное зрелище» или входить «в место заседания муниципального совета или в зал суда». Он также строго ограничил вербовку и общее число парабаланов (не более чем пять сотен). Сам Кирилл якобы избежал ещё более тяжкого наказания, подкупив одного из чиновников Феодосия II. Эдвард Уоттс утверждает, что убийство Гипатии стало поворотным моментом в борьбе Кирилла за политический контроль над Александрией. Гипатия была стержнем, скреплявшим оппозицию Ореста против Кирилла, и без неё оппозиция быстро развалилась.