Вместе с тем, неоплатоник Дамаский не считал Гипатию глубоким оригинальным философом, а, скорее, хорошим интерпретатором начал философии. Он же, чётко различая плотиновский (нерелигиозный) и ямвлихов (религиозный) неоплатонизм, замечает: «Некоторые, такие как Плотин, Порфирий и многие другие, почитают философию, но другие, как Ямвлих, Сириан и Прокл – все теурги, почитающие теургию вместо (неё)». При жизни Гипатии в Александрии и её округе были активными многие неоплатоники ямвлиховского толка; наиболее известным из них был Антонин, учивший в Канопе (20 км от Александрии). Это были самые последовательные защитники религиозных практик язычества. Разгром Серапеума в 391 г. христианами не вызвал изменений в деятельности школы Теона – Гипатии. Её школу регулярно посещали императорские чиновники, которые несли службу в Александрии. Упоминания Сократа Схоластика о тесных отношениях, которые связывали её с двумя губернаторами и местными городскими советниками дали Дамаскию повод определить, что Гипатия имела такую хорошую репутацию, что «правители города всегда почитали её первой», когда они приезжали в город. В Александрии IV–V вв. общественный климат в огромной степени зависел от епископа. В 382–412 гг. епископом Александрии был Феофил, который был воинственно настроен по отношению неоплатонизму Ямвлиха и в 391 г., в ходе конфликта с язычниками, разрушил Серапеум в Александрии. Несмотря на это, Феофил достаточно лояльно и с уважением относился к школе Гипатии и, по-видимому, считал её своим союзником. Феофил поддерживал епископство ученика Гипатии Синезия, который описывает Феофила в своих письмах с любовью и восхищением. Феофил также позволил самой Гипатии установить тесные отношения с римскими префектами и другими видными политическими лидерами города. Отчасти благодаря терпимости Феофила, Гипатия стала чрезвычайно популярной среди жителей Александрии и начала оказывать глубокое политическое влияние на жизнь города. Возможно, более важно, что епископ Феофил уважал структуры местной власти, с которыми Гипатия поддерживала отношения и не возражал против тесных связей, которые она имела с префектом Орестом. Ситуация драматически изменилась, когда Феофил умер в 412 г. Гипатия принимала участие в александрийской городской политике, имея влияние на главу города, префекта Ореста. Это обстоятельство вызывало постоянные трения с епископом Кириллом, у которого с Орестом были разногласия. Племянник епископа Феофила Кирилл стал патриархом после напряжённой борьбы с другим кандидатом – Тимофеем. Весь город разделился на группировки. Город оказался во власти мелких боевых групп, устраивавших столкновения с противниками. Причём его интронизация сопровождалась не только беспорядками, но и вмешательством войск. Согласно Сократу Схоластику, александрийцы всегда бунтовали. После своей победы Кирилл стал расправляться с оппозицией в лице раскольников-новациан. Первым делом на своём новом посту, он использовал свои полномочия, чтобы избавиться от них, закрыв их церкви и конфисковал всю их священную утварь. Орест вступил в конфликт на стороне одной из групп, что рассорило его с Кириллом. За Орестом стояла влиятельная часть александрийской городской знати.