Школа Гипатии, по мнению исследователей, сразу же прониклась сильным недоверием к новому епископу, о чём свидетельствует тот факт, что во всех своих обширных переписках Синезий написал Кириллу только одно письмо, в котором он рассматривает молодого епископа как неопытного и заблуждающегося. В письме, написанном Гипатии в 413 г., Синезий просит её ходатайствовать от имени двух лиц, пострадавших от продолжающихся беспорядков в Александрии, настаивая: «У вас всегда есть сила, и вы можете принести добро, используя эту силу». Он также напоминает ей, что она учила его тому, что философ-неоплатоник должен привносить высшие моральные нормы в политическую жизнь и действовать на благо своих сограждан. Напряжённость между сторонами возросла, когда в 415 г. Орест издал эдикт, в котором были изложены новые правила, касающиеся мимический представлений и танцевальных выставок в городе, которые привлекали большие толпы и обычно заканчивались гражданскими беспорядками различной степени. Вскоре после того, как указ был вывешен в городском театре, толпы людей собрались, чтобы узнать содержание. Кирилл послал грамматика Гиеракса узнать, что написано в эдикте. Гиеракс зачитал эдикт вслух и публично восхвалил и поаплодировал новым правилам, однако поскольку данный эдикт не понравился иудеям, его заявления вызвали беспорядки, которые вылились в столкновения между евреями и христианами. После этого иудеи пожаловались префекту на Гиеракса, обвиняя его в том, что это именно он специально и целенаправленно устроил беспорядки в городе, а также призывал устроить восстание и свержение римской власти. Орест приказал схватить Гиеракса, после чего его публично замучили до смерти в театре. У этого поступка было две цели: одна – усмирить в зародыше возможное восстание, другая – показать власть Ореста над Кириллом. Сократ Схоластик рассказывает, что, услышав о суровой и публичной казни Гиеракса, Кирилл был в негодовании от произошедшего. Он встретился с представителями еврейской общины и пригрозил, что примет суровые меры против них «со всей строгостью», если они немедленно не прекратят строить свои козни, интриги и притеснения против христианской общины Александрии. В ответ на требования Кирилла александрийские евреи пришли в ещё большую ярость и, в конце концов, прибегли к насилию против христиан. Евреи замыслили проучить христиан ночью, они послали некоторых своих людей кричать по всем концам города, будто горит церковь, а потом, когда на зов сбегались перепуганные христиане, они их убивали. Согласно Сократу Схоластику, в 414 г., после резни, устроенной евреями против христиан, Кирилл закрыл все синагоги в Александрии, конфисковал всё имущество, принадлежащее евреям, и изгнал ряд евреев из города; Сократ Схоластик предполагает, что все евреи были изгнаны, в то время как Иоанн Никиусский отмечает, что это были только те, кто участвовал в резне. Орест, римский префект Александрии, который также был близким другом Гипатии и недавно принял христианство, был возмущён действиями Кирилла, он и Кирилл написали друг на друга жалобы императору. В конце концов, Кирилл попытался примириться с Орестом и несколько раз попытался связаться с ним по этому поводу, включая попытку посредничества, и, когда это не удалось, он сослался на Евангелия, которые он интерпретировал как указание на то, что религиозный авторитет Кирилла требует поддержки Орестом действий архиепископа.