Исследовватели счтиают сомнительным участие парабаланов в убийстве: Сократ, будучи юристом, не употребил этот устоявшийся в текстах законов термин. Пётр-чтец, будучи анагностом, мог быть оглашенным и не принадлежать к клиру. Но, если бы он и был клириком, то несправедливо возлагать ответственность за отдельную личность на главу клира, а тем более на весь клир, хотя авторитет Александрийской церкви закономерно пострадал. «Люди с горячими головами» – это александрийская толпа, известная склонностью к беспорядкам и насилию, а мотив зависти следует приписывать не Кириллу, а, скорее, народу, завидующему влиянию Гипатии на Ореста. Вероятно, к этому примешивался мотив суеверия: астрономы часто занимались астрологией и магией, и вышеназванное влияние приписано колдовству. К доказательствам невиновности архиепископа Кирилла Т.И. Лященко относил: 1) депутацию александрийцев к императору Феодосию с просьбой пресечь производимые парабаланами беспорядки, усилившиеся во время отъезда Кирилла, причём император усомнился в способности предстоятеля церкви справиться в одиночку – из чего следует, что влияние архиепископа на парабаланов было недостаточным, тем более во время вынужденного отъезда; 2) Орест, стремившийся очернить архиепископа, не смог предоставить большего обвинения, чем слабость надзора; 3) трудно допустить, что церковь единодушно почтила бы совершившего нераскаянный смертный грех, при том, что в окружении Кирилла было много ревнителей благочестия (например, святой Исидор Пелусиот) и откровенных недоброжелателей и клеветников, особенно из числа несториан. Сергей Сергеевич Аверинцев отмечает, что Гипатия могла быть принята за мага, что и стало причиной её смерти: «Одного нельзя сказать ни о смерти Сопатра, ни о смерти Максима, ни даже о много более трагической и несправедливой смерти Ипатии: нельзя сказать, что суеверные современники по невежеству приняли учёных за магов. Учёные сами выдавали себя за магов, и притом с глубоким внутренним убеждением. Конечно, они были жертвами суеверия, однако того суеверия, которое сами обосновывали и распространяли. Чем они не были, так это мучениками науки. В лучшем случае они были мучениками языческой религии. Автор двух исторических исследований, посвящённых Гипатии, Фейт Джастис считает, что согласно имеющимся данным, Гипатия приняла смерть не вследствие того, что она была язычницей, или учёным, или женщиной, а вследствие вовлечённости в политику. Историк Пётр Фёдорович Преображенский отмечает: «… Христианская церковь чувствовала некоторую неловкость за кровавую расправу с Ипатией. Приходилось тщательно выгораживать Кирилла Александрийского, чтобы снять с этого признанного авторитета клеймо погромщика… По странной иронии судьбы Кирилл, этот ревностный и неутомимый борец за достоинство христианской Богоматери, как Девы и Матери не человека, а именно Бога, оказался идеологическим вдохновителем гнусного растерзания девушки…». По мнению П.Ф. Преображенского, образцовая жизнь и мученическая смерть Гипатии послужила прообразом для жития христианской мученицы Екатерины Александрийской, составленного около X в. Житие св. Екатерины Александрийской почти в точности повторяет жизнь Гипатии. Обе женщины занимаются философией, математикой, астрономией, отличаются редкой красотой, чистотой, красноречием, и обе погибают мучительной смертью в руках разъярённой толпы. «Таким образом, жертва христианского фанатизма и изуверства превратилась в христианскую святую».