Хотя русские монахи поселились в Дечанах по просьбе сербской церковной власти, сербская общественность выступила с осуждением этого акта, а сербская печать называла его «дечанской аферой» и «захватом русскими сербской святыни». С мая 1903 г. сербское правительство пыталось расторгнуть либо изменить условия договора. В результате в договор были внесены дополнения: при игумене ввели должность наместника, обязательно серба по происхождению, количество русских монахов ограничивалось десятью, а срок соглашения истекал в сентябре 1913 г. В ноябре 1904 г. митрополит Никифор направил в Дечаны комиссию, которая положительно отозвалась о деятельности русских иноков. 4 февраля 1905 г. император Николай II по просьбе министра иностранных дел Владимира Николаевича Ламздорфа и ходатайству обер-прокурора Святейшего Синода Константина Петровича Победоносцева повелел ежегодно выдавать монастырю по 10 тыс. руб. и разрешил сбор пожертвований в России, для чего в Одессе было открыто представительство обители. В 1908 г. была опубликована Дечанская летопись с историческими комментариями диакона церкви русского посольства в Константинополе Николая Махрова. Весной 1908 г. Дечаны посетил директор Русского археологического института в Константинополе Фёдор Иванович Успенский и составил план экспедиции по изучению фресок монастыря и изданию посвящённой им монографии. Но из-за недовольства присутствием русских монахов в Дечанах, которое выражали сербская печать, государственные и церковные власти, 14 июня 1910 г. император Николай II по ходатайству премьер-министра Петра Аркадьевича Столыпина, Святейшего Синода и МИД России решил отозвать русских монахов из Дечан. В благодарность за финансовые затраты, понесённые кельей Иоанна Златоуста на содержание Дечан (только на школу-пансион в год тратилось 5 тыс. руб.), МИД России просил сербское правительство содействовать возведению кельи в ранг скита, но этого не произошло. Идеолог передачи Дечан русским монахам Рашско-Призренский митрополит Никифор в 1911 г. был вынужден уйти в отставку. Во время Первой мировой войны, в конце 1915 г., Дечаны разграбили болгарские солдаты, а потом заняли австрийские войска и интернировали всех насельников в Венгрию. Богослужение в монастыре было возобновлено осенью 1918 г., когда монастырь был обновлён, а его настоятелем стал архимандрит Леонтий (Нинкович). В начале 1920 г. в западном келейном корпусе был устроен приют для детей-сирот, число которых вскоре достигло 150. Перед началом Второй мировой войны братия насчитывала около 200 монахов, в том числе 35 в священном сане. Действовала монашеская школа, в которой обучалось 120 человек. Долгое время её возглавлял эмигрировавший после революции в России епископ Сумский, викарий Харьковской епархии Митрофан (Абрамов; в схиме Макарий). В окрестностях обители перед войной проживало 40% сербов и 60% албанцев. После оккупации Югославии в апреле 1941 г. в Дечанах пытался найти защиту Рашско-Призренский епископ Серафим (Йованович). Однако на Пасху 1941 г. монастырь заняли немецкие войска, а потом он оказался в итальянской зоне оккупации. Епископ Серафим был арестован и умер в 1945 г. в заключении.