Гонения и мученическую кончину претерпели многие насельники монастыря, в том числе послушник Мирко Вуисич был убит коммунистами в мае-июне 1945 г., архидиакон Гавриил (Ковачина) умер в тюрьме в 1946 г. Албанцы изгнали из окрестных сёл тысячи православных жителей, которым впоследствии власти не разрешили вернуться. С окончания войны и до 1957 г. настоятелем монастыря был русский эмигрант игумен Феодосий (Мельник), бывший келейник митрополита Киевского и Галицкого Антония (Храповицкого). При проведении в 1946 г. в Югославии аграрной реформы Дечаны были включены в первую группу наиболее крупных сербских монастырей. Обители было оставлено 20 га необработанной пашни и 30 га угодий вместо 231 га пашни и 618 га угодий, пригодных для сельского хозяйства. Были конфискованы практически все монастырские запасы. Царские палаты, «призренский» братский корпус, склады, пекарню, трапезную и большую кухню по распоряжению властей передали детскому саду, на первом этаже «милошева» братского корпуса разместили санаторий. В распоряжении монастыря остались квартира настоятеля, четыре жилые комнаты, три магазинчика (два из которых долгое время оставались опечатанными представителями комиссии), подвал, одна комната для паломников и маленькая кухня. Попытки церковных властей опротестовать решения Комитета по Косову и Метохии результатов не дали. В начале 1990 гг. в Косове и Метохии усилилось стремление албанцев к отделению края от Сербии, которое сопровождалось насильственным вытеснением малочисленного сербского населения, нападениями на православные храмы и монастыри. 6 августа 1992 г. из ризницы Дечан в безопасное место были перенесены ценные предметы и иконы. Чтобы поддержать монастырь, епископ Артемий (Радосавлевич) перевёл в него несколько монахов из монастыря Црна-Река. В 1998 г. братия Дечан насчитывала 25 монахов и послушников. В окрестностях в тот период проживало около 600 сербов и 55 тыс. албанцев. Сербские семьи оставляли свои дома и селились в бунгало близ Дечан, а скот размещали в монастырских сараях. В 1999 г. во время бомбардировок Косова и Метохии военными силами НАТО в монастыре нашли защиту не только сербы, но и около 200 албанцев. После ухода югославской армии из края в Дечанах скрывались сербы, около 50 цыган и мусульманская семья. В июне 1999 г. Дечаны вошли в итальянскую зону КФОР (рус. СДК – «Силы для Косово»). В октябре 2002 г. 33 насельника обители, оставшиеся единственными сербами на территории общины Дечани, отказались голосовать на выборах в местные органы власти в знак протеста против бесправного положения сербского населения. В 2006 г. были построены стена длиной 450 м для защиты обители со стороны реки, новый келейный корпус и котельная. В начале 2007 г. братия потребовала установить защитную зону вокруг монастыря. Военные КФОР охраняют насельников и сопровождают их во время выходов из обители, даже к источнику воды в 100 м от монастыря. Монастырь Дечаны всегда был центром духовного образования в крае, из его братии вышли многие иерархи Сербской православной церкви: Печский патриарх Ефрем (1375–1380, 1389–1390 гг.), в 1746 г. как настоятель Дечан упоминается архимандрит Иоанн (Джорджевич; митрополит Карловацкий в 1769–1773 гг.).