С 1764 г. в течение 47 лет настоятелем Дечан был игумен, с 1811 г. – архимандрит Даниил (Кажанегра; ум. в 1820 г.). В начале его управления монастырь был в развалинах (за исключением церкви), в нём проживал один монах. Усилиями архимандрита Даниила были отреставрированы трапезная и собор, сделан иконостас храма, построена гостиница для паломников. После греческого восстания 1821–1829 гг. игумена монастыря Рашского митрополита Захарию заключили в темницу, а несколько дечанских монахов повесили. Продолжалось благоустроение монастыря: в 1834 г. был обновлён северный братский корпус, в 1836 г. на средства князя Милоша Обреновича построена трапезная, в 1840 г. построены ещё два братских корпуса, в 1855 г. устроены два источника питьевой воды, в 1857 г. на средства князя Александра Карагеоргиевича храм был покрыт свинцовой кровлей. В этот период братия насчитывала около 20 монахов. В монастырской школе обучались дети из окрестных сёл. Во время албанского восстания 1845 г., турецко-черногорской войны 1858 г. и набегов местных албанцев на монастырь возлагалось содержание воюющей стороны, в зону контроля которой он попадал. В 1857 г. Дечаны посетил русский консул в Боснии и Герцеговине Александр Фёдорович Гильфердинг. Согласно его заметкам, в Дечанах проживали около 15 монахов, в окрестных сёлах Дечани, Лочане и др. было всего 11 православных домов и более 3 тыс. мусульманских. Монастырь имел лишь виноградник под Призреном и существовал благодаря милостыне, собираемой в освобождённых от турок областях Сербии. В конце 1850 гг. в Россию для сбора милостыни приехали дечанские иеромонахи Агафангел и Кирилл и привезли для поклонения монастырский напрестольный крест с частицей Животворящего Креста, вклад царя Душана. В 1862 г. в Архангельске на собранные по всей России пожертвования для Дечан были отлиты четыре колокола. В 1863 г. русские фрегаты «Димитрий Донской» и «Ослябя» доставили их в ближайший к Дечанам порт Бар (Черногория). В 1897 г. настоятелем Дечан был назначен архимандрит Иоанникий, при котором за четыре года обитель была почти полностью разорена: долги удвоились, многие рукописи и документы из библиотеки и святыни были проданы, братия насчитывала один-два человека, велись переговоры о её пополнении монахами-униатами. В 1902 г. Рашско-Призренский  митрополит Никифор (Перич) обратился к иеросхимонаху Кириллу (Абрамову) из афонской кельи Иоанна Златоуста, приписанной к сербскому монастырю Хиландар, но населённой в тот период русскими монахами, с просьбой прислать монахов и «устроить общежитие в запустевшем монастыре». Для ознакомления с положением в Дечанах был послан иеромонах Арсений. Идею перевода русских монахов в Дечаны поддержал министр иностранных дел Сербии Сава Груич. В январе 1903 г. митрополит Никифор и иеросхимонах Кирилл подписали акт передачи монастыря, который заверили представители общин Призрена, Печа и Джяковицы. Обитель взял под покровительство русский консул в Призрене. В Дечанах поселились 28 русских монахов во главе с иеросхимонахом Кириллом, которые возобновили ежедневное богослужение, устроили больницу и открыли школу с пансионом для сельских детей. Был построен братский «русский» корпус. Близ монастыря стали селиться православные сербы, а албанцы перестали разорять обитель.