Вторая половина XVI в. стала для Дечан кратким периодом расцвета, связанным с восстановлением Печской патриархии, монастырю даже удалось расширить владения. Печскому  патриарху Антонию (Соколовичу) приписывается роспись царских врат церкви. В XVI в. в Дечанах подвизались преподобные Нестор и Евфимий, а в общей стихире сербским святым упоминаются дечанские пустынножители Ефрем и Евстафий. До XVIII в. монастырь имел владения в Валахии, господари которой оказывали финансовую помощь многим православным монастырям в Османской империи. Со временем экономическое положение обители ухудшалось, для защиты прав монастыря игумены и их представители обращались к верховной турецкой власти в Стамбуле в 1506, 1539, 1572, 1577, 1581, 1595, 1598, 1602, 1672, 1677, 1699 гг. и позднее. В 1558 г. местный спахия Нухо Топчуоглу собирался разрушить собор в обители, утверждая, что под ним находится серебряный рудник (храм сохранило лишь вмешательство султана Сулеймана Великолепного). В середине XVII в. из-за ослабления центральной власти в Османской империи возросла безнаказанность и агрессивность местных феодалов. Положение усугубляли расселявшиеся на окрестных землях албанцы-мусульмане, не почитавшие христианские святыни. В 1644–1645 гг. дечанский монах отметил в книге, что в это время монастырю была «великая неволя» от албанского племени Климентов. В 1687 г. Арап-паша разорил окрестности Дечан. Одной из форм эксплуатации монастыря албанцами была так называемая защита обители. Под предлогом обеспечения безопасности в монастыре поселялись албанские вооружённые отряды, и монахи были обязаны их содержать. В 1692 г. монастырь был разорён отрядом Татархана и лишь заступничеством св. покровителей был спасён от уничтожения. В конце XVII – середине XVIII в. несколько раз пострадал от пожаров. В 1707 г., по свидетельству католического архиепископа города Бар, в Дечанах было три монаха. В 1720 г. игумен Мелетий и 12 иеромонахов дали присягу, что никогда не покинут монастырь. Была составлена так называемая Клятвенная книга, впоследствии пополнившаяся подписями и других насельников. В XVII–XVIII вв., несмотря на неблагоприятные условия, Дечаны оставались важным центром церковной и культурной жизни Сербии. Монастырю оказывали помощь и покровительство многие иерархи Сербской церкви. 25 августа 1635 г. Дечаны посетил Печский патриарх Паисий (Яневац) и рукоположил четырёх диаконов и двух пресвитеров, 11 ноября 1670 г. Хвостенский  митрополит Арсений III (Черноевич; впоследствии Сербский патриарх) рукоположил четырёх монахов и белого священника. Для поклонения мощам короля Стефана Дечанского в монастырь в 1727 г. приходили патриарх Арсений IV (Йованович-Шакабента), в 1757 г. Валевский митрополит Феодосий (Стефанович-Попович) и др. В 1778 г. в Дечанах встретились 15 сербских архиереев, но повод встречи исследователям неизвестен. Дечаны всегда были общежительным монастырём, поначалу, как полагают исследователи, лаврского типа. Поблизости действовали скиты и кельи с небольшим числом насельников. В турецких описях XVI в. перечислено девять келий; самые известные из них – Пресвятой Богородицы и Трёх святителей, где сохранились росписи XIV–XV вв.