После смерти архиепископа Иоанна (около 1037 г.), славянина по происхождению, Охридскую кафедру занимали исключительно греки. Византийское правительство проводило политику эллинизации, болгарское духовенство постепенно заменялось греческим. Вместе с тем византийские иерархи стремились сохранить независимость Охридской церкви. Так, архиепископ Иоанн Комнин (1143–1156 гг.), племянник императора Алексея I Комнина (1081–1118 гг.), нашёл новое обоснование особого статуса Охридской архиепископии. В протоколе Константинопольского Поместного собора (1143 г.) он подписался не как «Архиепископ Болгарии» (что делалось прежде), а как «Архиепископ Первой Юстинианы и Болгарии». Отождествление Охрида с древним церковным центром Юстинианой Первой (современный Царичин-Град), основанной Юстинианом I Великим (527–565 гг.) и реально находившейся в 45 км к югу от г. Ниш, было позднее развито Охридским архиепископом Димитрием II Хоматианом (1216–1234 гг.) в теорию, с помощью которой Охридской архиепископии удавалось сохранять независимость на протяжении более пяти столетий. В XII в. на этот титул претендовали также епископы Вельбужда. В границах Охридского диоцеза церковные деятели греческого происхождения в определённой степени учитывали духовные потребности болгарской паствы. Это способствовало лучшему сохранению в рамках Охридской архиепископии славянской культуры по сравнению с Восточной Болгарией, непосредственно подчинённой Константинопольскому патриарху, и обеспечило впоследствии её возрождение (отсюда у болгарских книжников XII–XIII вв. возникло представление о Македонии как колыбели славянской письменности и христианства в Болгарии). С переходом в середине XI в. архиепископского стола к грекам и эллинизацией социальных верхов общества происходит постепенное, но заметное снижение статуса славянской культуры и богослужения до уровня приходских церквей и малых обителей. Это не коснулось почитания византийцами местных славянских святых. Так, архиепископом Феофилактом Охридским (1090–1108 гг.) были созданы «Житие Тивериопольских мучеников», пространное «Житие Климента Охридского» и служба ему. Георгием Скилицей написано «Житие Иоанна Рыльского» и целый цикл служб ему (около 1180 г.). Димитрию Хоматиану приписывается установление празднования святых Седмочисленников (равноапостольных Мефодия, Кирилла и их пяти учеников), им также составлены краткое «Житие» и служба Клименту Охридскому. Осенью 1185 (или 1186) г. в Болгарии вспыхнуло антивизантийское восстание, которое возглавили местные боляре братья Пётр и Асень. Они основали Второе Болгарское царство со столицей в Тырнове, где были учреждены сначала архиепископия, а затем и патриархат. 26 октября 1185 г. В Тырнове собралось множество людей на освящение церкви Димитрия Солунского. По сообщению Никиты Хониата, разнёсся слух, что чудотворная икона Димитрия из разграбленной в 1185 г. норманнами Фессалоники теперь находится в Тырнове. Это было воспринято как свидетельство особого покровительства Димитрия болгарам и вдохновило восставших. Воссоздание болгарской государственности в рамках Второго Болгарского Царства со столицей в Тырнове имело следствием восстановление автокефалии Болгарской церкви. Сведения об учреждении новой епископии в Тырнове во время восстания содержатся в письме Димитрия Хоматиана Василию Педиадиту, митрополиту Керкирскому, и в Синодальном акте Охридской архиепископии 1218 (или 1219) г. Осенью 1186 (или 1187) г. в новопостроенной церкви, где находилась икона Димитрия, болгарские вожди заставили трёх византийских иерархов (Видинского митрополита и двух неизвестных архиереев) рукоположить во епископа иерея (или иеромонаха) Василия, который венчал на царство Петра Асеня. Фактически в центре восставшей территории появилась новая, независимая епархия. Вслед за учреждением епископии последовало расширение её канонических полномочий; в 1203 г. она стала Тырновской архиепископией. В период 1186–1203 гг. в подчинение Тырновскому предстоятелю перешли восемь епархий, отпавших от Охридской архиепископии: Видинская, Браничевская, Средецкая, Вельбуждская, Нишская, Белградская, Призренская и Скопская. Царь Калоян (1197–1207 гг.), брат Петра и Иоанна Асеня I, использовал сложное положение, в которое попали византийский император Алексей III Ангел (1195–1203 гг.) и патриарх Иоанн V Каматир (1191–1206 гг.) в связи с четвёртым крестовым походом и захватом в 1204 г. Константинополя латинянами. Константинопольский патриарх был вынужден признать Тырновского церковного главу и предоставить ему право рукополагать епископов.