По существу решения этого Поместного собора были выгодны Константинополю и Болгарии, архиепископ которой фактически получал права автономии по отношению к Константинопольской церкви. Одновременно это означало окончательную неудачу политики Рима в болгарском вопросе. Папа не сразу осознал это, поначалу истолковав соборное постановление как уход византийского духовенства из Болгарии и выход Болгарской архиепископии из юрисдикции Константинополя. В 880 г. Рим вновь попытался активизировать контакты с Болгарией при посредстве хорватского епископа Феодосия Нинского, но его миссия не увенчалась успехом. Посланное папой в 882 г. письмо Борису также осталось без ответа. Пока вопрос о статусе и титуле главы Болгарской церкви оставался объектом переговоров между папами и болгарским князем, церковное управление осуществлялось епископами, возглавлявшими римскую миссию в Болгарии (Формоз Портуанский и Павел Популонский в 866–867 гг., Гримуальд Полимартийский и Доминик Тривентский в 868–869 гг., единолично Гримуальд в 869–870 гг.). Исследователям не совсем ясно, какие полномочия были даны им папой, однако известно, что они освящали храмы и алтари и рукополагали низшее духовенство болгарского происхождения. Поставление первого архиепископа откладывалось из-за разногласий относительно личности конкретного кандидата. Эти разногласия, а также желание римских первосвященников как можно дольше сохранять полный контроль над болгарским диоцезом привели к отказу болгар от принадлежности к римской церковной организации. Решение о переходе Болгарской церкви под юрисдикцию Константинополя, принятое 4 марта 870 г., положило начало организационному оформлению Болгарской архиепископии. Традиционно считается, что первый болгарский архиепископ Стефан, имя которого зафиксировано в «Сказании инока Христодула о чудесах вмч. Георгия» начала X в. (в одном из списков он назван Иосифом), был рукоположен Константинопольским патриархом Игнатием и принадлежал к византийскому духовенству. Историк церкви Евгений Евсигнеевич Голубинский (1834–1912 гг.) считает, что это рукоположение едва ли могло состояться без согласия князя Бориса и его приближённых. По новейшей гипотезе, у истоков создания Болгарской церкви в 870–877 гг. стоял митрополит Гераклеи Фракийской Николай. Возможно, он получил в управление новообразованную болгарскую епархию в составе Константинопольского патриархата и рассылал на места своих представителей, одним из которых был его племянник, не известный по имени монах и архидиакон, скончавшийся в Червене 5 октября 870 г. В 870 гг. в столице Болгарии Плиске развернулось строительство Большой базилики, призванной стать главным кафедральным собором страны. Местом постоянного пребывания Болгарских архиепископов Плиска стала, по-видимому, около 878 г., при архиепископе Георгии, который исследователям известен по посланию папы Иоанна VIII и моливдовулам (свинцовым печатям). Когда в 893 г. столица Болгарии была перенесена в Преслав, туда переместилась и резиденция предстоятеля Болгарской православной церкви, а кафедральным собором стала Золотая церковь Иоанна во внешнем городе. В отношении внутреннего управления болгарский архиепископ был независим, лишь формально признавая юрисдикцию Константинопольского патриарха. Избирался архиепископ Собором епископов, по всей видимости, даже без утверждения его Константинопольским патриархом. Решение Константинопольского собора 879–880 гг. не включать Болгарию в списки епархий Константинопольской патриархии фактически закрепляло за архиепископом Болгарии права автономии. По своему положению в византийской церковной иерархии предстоятель Болгарской православной церкви получал независимый статус. Особое место, которое занимал болгарский архиепископ среди глав других поместных церквей, засвидетельствовано в одном из списков епархий Константинопольского патриархата (X в.), где он вместе с архиепископом Кипрским поставлен следом за пятью патриархами перед митрополитами, подчинёнными Константинополю. После 870 г. одновременно с созданием Болгарской архиепископии началось и формирование подчинённых ей епархий. Количество созданных в Болгарии епархий и местоположение их центров не поддаётся исследователям точному определению, но они считают, что их могло быть много. В письме папы Иоанна VIII князю Борису от 16 апреля 878 г. упоминается епископ Сергий, кафедра которого была расположена в Белграде.