В «Списке архиепископов Болгарии» (так называемый список Дюканжа, составленный в середине XII в. и дошедший в рукописи XIII в.), сообщается, что по приказу императора Романа I Лакапина (919–944 гг.) императорский синклит провозгласил Дамиана патриархом Болгарии, а Болгарская церковь признана автокефальной. Предположительно этот статус Болгарская церковь получила в период, когда патриарший престол в Константинополе занимал Феофилакт (933–956 гг.), сын императора Романа Лакапина. Именно с Феофилактом, своим свойственником, царь Пётр поддерживал тесные связи и обращался к нему за советом и разъяснением относительно ереси богомильства – религиозно-социального движения, получившего распространение в Болгарии с середине XI в. В правление царя Петра в Болгарской церкви насчитывалось не менее 28 епископских кафедр (перечислены в хрисовуле Василия II). Важнейшими церковными центрами были: в Северной Болгарии – Преслав, Доростол (Дристра, современный Силистра), Видин (Быдин), Моравск (Морава, античный Марг); в Южной Болгарии – Пловдив (Филиппополь), Средец (Триадица, современная София), Брегальница, Охрид, Преспа и др. Имена ряда болгарских архиепископов и патриархов упомянуты в Синодике царя Борила (1211 г.), но хронология их правления остаётся исследователям неясной. Патриарх Дамиан после взятия Доростола в 971 г. византийским императором Иоанном Цимисхием (969–976 гг.) бежал в Средец во владения комитопулов Давида, Моисея, Аарона и Самуила, фактически ставших продолжателями болгарской государственности. С образованием Западно-Болгарского царства (969 г.) столица Болгарии была перенесена в Преспу, а затем в Охрид. На запад переместилась и резиденция патриарха: согласно сигиллиям Василия II – в Средец, затем в Воден (греч. Эдесса), оттуда в Моглен и, наконец, в 997 г. в Охрид. Список Дюканжа, не упоминая Средец и Моглен, называет в этом ряду Преспу. Военные успехи царя Самуила нашли отражение в сооружении в Преспе грандиозной базилики, куда были торжественно перенесены мощи св. Ахиллия из захваченной в 986 г. болгарами Лариссы. В конхе алтаря базилики св. Ахиллия помещены изображения 18 «тронов» (кафедр) Болгарского патриархата. После Дамиана в списке Дюканжа указывается патриарх Герман, кафедра которого первоначально находилась в Водене, а затем была перенесена в Преспу. Известно, что он окончил жизнь в монастыре, приняв схиму с именем Гавриил. Патриарх Герман и царь Самуил являлись ктиторами церкви св. Германа на берегу озера Микра-Преспа, в которой были похоронены родители Самуила и его брат Давид, о чём свидетельствуют надписи 993 и 1006 гг. Патриарх Филипп, согласно списку Дюканжа, был первым, чья кафедра находилась в Охриде. Сведения об Охридском патриархе Николае (в списке Дюканжа он не упоминается) содержатся в проложном Житии князя Иоанна Владимира (ум. в 1016 г.), зятя царя Самуила. Архиепископ Николай являлся духовным наставником князя, Житие называет этого иерарха мудрейшим и чудным. Спорным для исследователей остаётся вопрос, кто являлся последним Болгарским патриархом – Давид или Иоанн. Византийский историк Иоанн Скилица сообщает, что в 1018 г. «архиепископ Болгарии» Давид был послан царицей Марией, вдовой последнего болгарского царя Иоанна Владислава, к императору Василию II объявить об условиях её отречения от власти. В приписке Михаила Девольского к сочинению Скилицы сказано, что пленный Болгарский патриарх Давид участвовал в триумфальном шествии императора в Константинополе в 1019 г. Впрочем, правдивость этого рассказа исследователями оспаривается (В. Златарский, И. Снегаров). О Давиде ничего не известно составителю списка Дюканжа. В том же 1019 г. в Охридской церкви был уже новый предстоятель – архиепископ Иоанн, бывший игумен Дебарского монастыря, болгарин по происхождению. По предположению Г.Г. Литаврина, он стал патриархом в 1018 г., а в 1019 г. был низведён Василием II в ранг архиепископа, подчинённого Константинополю. Завоевание Болгарии Византийской империей (1018 г.) повлекло за собой ликвидацию Болгарского патриархата. Охрид стал центром автокефальной Охридской архиепископии, состоявшей из 31 епархии. Она охватывала прежнюю территорию патриархата, о чём говорится во втором сигиллии Василия II (1020 г.): «...Нынешний святейший архиепископ владеет и управляет всеми болгарскими епископствами, которыми при царях Петре и Самуиле владели и управляли тогдашние архиепископы».