Между тем рассуждения Аввакума подчас были догматически крайне смелыми и расходились с православным вероучением (см. Аввакумовщина). Критика этих построений диаконом Федором нашла своих сторонников и на Керженце, 19 августа 1693 г. там состоялся в присутствии Онуфрия собор, на котором принятие этим последним писем Аввакума получило самую резкую оценку. В последнее десятилетие XVII и в начале XVIII в. на Керженце и на Ветке, куда вскоре перекинулись эти споры, было созвано несколько соборов в связи с письмами Аввакума. Позиция Онуфрия подвергалась все более сильной критике со стороны софонтиевцев, а затем и дьяконовцев. Не нашел Онуфрий поддержки и у Феодосия на Ветке, хотя тот всячески рекомендовал использовать любые возможности для прекращения споров между поповскими согласиями Керженца. Число и ожесточенность споров и разделений среди керженских поповцев продолжали расти. Софонтиевцы и дьяконовцы, согласно выступавшие против догматических построений Аввакума, разошлись между собой в вопросе о чиноприеме: первые принимали переходивших к ним иереев через миропомазание, дьяконовцы – через отречение от ересей. В начале XVIII в. керженские скиты были охвачены еще одним спором, который, как и предыдущие, шел с большим ожесточением. Он возник из-за рассуждений единомышленника и в чем-то предшественника диакона Александра, Т.М. Лысенина, перебравшегося в нижегородские пределы из Москвы (по его имени дьяконовское согласие сначала именовалось лысеновщиной). Лысенин и Александр, считая (в отличие от всех других старообрядцев) четырехконечный крест достойным почитания, доказывали, что при каждении диакон должен взмахивать кадилом один раз вдоль и поперек тоже один раз, а не два раза, как это делали многие на Керженце. Около 1709/10 г. Лысенин написал «Книгу» с обоснованием своих взглядов. В 1708–1710 гг. в керженских скитах состоялось несколько шумных соборов, на которых обсуждались мнения Лысенина и Александра, тогда же керженские старцы послали несколько писем и делегацию на Ветку, прося Феодосия разрешить спор. Вопрос этот неоднократно рассматривался на Ветке, и в 1710 г. на соборе в ветковском Покровском монастыре Александр был вынужден заявить об ошибочности своих взглядов. Впрочем, в послании на Керженец Феодосий рекомендовал враждующим сторонам терпимее относиться друг к другу и не раздувать ссор, вызывающих «смех и укорение» противников «старой веры». Это предупреждение было очень своевременным. В первые два десятилетия XVIII в. по повелению Петра I Нижегородский епископ Питирим, опираясь на мощь государственного аппарата, вел активную борьбу с керженскими старообрядцами, завершившуюся разгромом Керженца и казнью 21 марта 1720 г. (после допроса государем) диакона Александра за отказ от сделанного им ранее отречения от старообрядчества. В результате действий епископа Питирима и светских властей на Керженце из 94 скитов осталось два, было сообщено об обращении более 80 тыс. раскольников. Однако позднее выяснилось, что многие обращения были притворными, а большинство керженских старообрядцев бежали в разных направлениях, в основном на Ветку и на Урал. Разгрому Керженца предшествовала письменная полемика, в ходе которой на вопросы епископа Питирима керженские старообрядцы по требованию последнего подали «Дьяконовские ответы» (написанные на Выге беспоповцами С. и А. Денисовыми). В ответ епископ Питирим издал в 1721 г. «Пращицу противу вопросов раскольнических». На Урал и в Сибирь керженцы убегали тысячами под защиту привилегий, полученных в 1702 г. Демидовыми для развития металлургии. Здесь пришельцы вливались в местный старообрядческий мир, ведущий свое начало еще со времен проповеди протопопа Аввакума в сибирской ссылке; позднее пустозерские узники поддерживали тесные связи с их урало-сибирскими единоверцами. В регионе существовали как беглопоповские, так и беспоповские скиты.