Босния входила в состав единого сербского государства (Дуклянское княжество, Зета) до рубежа XI–XII вв. (правление князя Бодина), районы к востоку и югу от неё – Хум, Требине, Конавле и Стон с долиной реки Неретвы (будущая Герцеговина) – оставались в Сербии на протяжении нескольких последующих веков. В последней четверти XII – второй четверти XIII вв. этими областями владели брат жупана Сербии Стефана Немани князь Мирослав и его потомки. В 1190 гг. они были формально выведены в удел младшему сыну Немани Растко (см. Савва I Сербский), но из-за его пострижения в монахи этот переход на деле не состоялся. В 1219 г. Саввой на территории современной Боснии и Герцеговины были основаны Дабарская (позже переименованная в Дабро-Босанскую) и Захумская православные епархии. В XII в. сложилось Боснийское княжество (банат). На рубеже XI–XII вв. в регионе усиливается экспансия Венгрии, которая подчиняет себе территории Славонии и Хорватии. В 1130 гг. Сербия оставалась византийским вассалом, а Босния признала сюзеренитет венгерских королей. В 1139 г. венгерский король Бела II передал «боснийское герцогство» сыну Владиславу (Ласло), но из-за малолетства наследника в стране от его имени управляли местные баны. В 1154–1163 гг. Боснией и Захумьем правил бан Борич, который участвовал в византийско-венгерских войнах на стороне Венгрии. В 1160 гг., в правление византийского императора Мануила I Комнина, Босния в результате византийско-венгерских войн перешла под власть империи. Около 1183 г., во время правления бана Кулина, Босния, как и большинство Балканских стран в конце XII в., освободилась от византийского владычества, но вскоре была вынуждена признать сюзеренитет Венгрии; хотя он со временем и стал формальным, но, тем не менее, сохранился до турецкого завоевания. С XII в. в Балканских странах получило распространение богомильство, сыгравшее особенно заметную роль в Боснии. На протяжении XII – первой половины XV вв. оно, не уступая католицизму и православию и пользуясь (хотя и не постоянно) покровительством верховной власти, выступало в качестве непременного атрибута Боснийского государства и временами чуть ли не официальной религии. Однако истинный характер и структура сформировавшейся здесь самостоятельной церкви до сих пор остаются предметами дискуссии. С 1233 г. при поддержке Рима Венгрия под знаменем борьбы с ересью осуществила несколько «Крестовых походов» против Боснии, что было вызвано стремлением укрепить не только положение католицизма на этих землях, но и венгерское влияние. Боснийские правители несколько раз заявляли Римским папам о желании восстановить истинное богопочитание, и бан Матвей Нинослав (1232 – после 1249 гг.) в начале правления активно преследовал богомилов, но, осознав угрозу походов для существования страны, выступил против крестоносцев.