Существует также униатская Крижевецкая епископия (Загреб, Хорватия), объединяющая около 5 тыс. верующих. 4% населения относят себя к протестантам; действуют несколько иудейских общин. Приверженцы ислама, сунниты, составляют 40–44% населения страны. Древнейшее население на современной территориях Боснии и Герцеговины представляли различные иллирийские племена. После покорения их римлянами в I в. н.э. эти земли входили в состав римских провинций Далмации (побережье Адриатики и горные районы Боснии и Герцеговины), Верхней Паннонии (западная часть долины реки Савы) и Нижнй Паннонии (восточная часть долины реки Савы). Горные районы были освоены слабо, наибольшее значение приобрела долина реки Савы, через которую проходили стратегические дороги и где возник ряд городов, в основном, с латинским населением. Иллирийцы в той или иной мере подверглись романизации, однако продолжали существовать как особый этнос. Эта территория, плохо контролируемая Римской империей, в конце IV в. была предоставлена для заселения готам. Здесь сформировался этнос остготов, которые в 480 гг. под предводительством Теодориха Великого начали завоевание Италии. Около 535 г. Далмация вошла в состав Византийской империи, но через 50 лет была завоевана лангобардами. Христианство на эти земли проникло в I в., апостол Павел сообщает о проповеди своего ученика апостола Тита в Далмации (2 Тим. 4:10). О широком распространении христианства на этой территории в эпоху поздней Античности свидетельствуют сохранившиеся руины церкви в Видоштаке близ Столаца, фрагменты базилик в долине реки Требижат, Зенице и других местах. Из письменных источников исследователям известно о существовании в начале VI в. Наронской и Бистуанской епископских кафедр; их епископы упомянуты в актах церковных Соборов, проходивших в Салоне (современный Солин) в 530 и 532 гг. К VI в. относится возникновение епархии с кафедрой в Дувно, к VII в. – Врхбосанской епархии (город Врхбосна, ныне Сараево). Христианские общины на территории Боснии и Герцеговины, как и всего Иллирика, в то время находились в юрисдикции папы Римского, и епископы были, в основном, латинского происхождения. В VI–VII вв. эта область постепенно заселялась славянами, в том числе сербско-хорватскими племенами, но они оставляли нетронутыми анклавы с немногочисленным римским (иллирийским) населением. Славяне создали на этой территории, в основном, племенные союзы и небольшие княжества. В этот период наблюдались кризис в развитии античных городов, ослабление торговых и хозяйственных отношений, а также упадок христианских общин. Благодаря сохранившемуся на этих землях романизированному населению, особенно в городах на Адриатике, и влиянию империи Каролингов, продвинувшей в VIII–IX вв. свои владения к западным границам современной Боснии и Герцеговины, христианство относительно быстро вернуло свои позиции по сравнению с Центральными Балканами.