В борьбе за освобождение принимал участие и Захумский митрополит Василий Острожский, но, разочаровавшись в иезуитских интригах, удалился в монастырь. Нередко от турецкого насилия страдали и католики. Иногда они просили помощи у православных. Благодаря тому, что Боснийский эялет в XVII в. служил бастионом Османской империи на её западных границах и базой для дальнейшей экспансии в страны Центральной Европы, он обладал некоторыми правами автономии, здесь строились новые и укреплялись старые крепости. Местная мусульманская знать считалась опорой центральной власти, хотя в действительности очень часто выходила из подчинения. Так, вопреки воле Стамбула велись пограничные войны с Хорватией, осуществлялись нападения на венецианские владения в Далмации. Крайне редко мусульманские власти оказывали содействие православному населению, как это было при восстановлении Печской патриархии, но чаще были обратные случаи, что вызывало бунты, например, в Сараеве в 1682 г. Антитурецкое сопротивление усилилось после поражения, которое потерпели турки под Веной в 1683 г. В 1689 г. Печский патриарх Арсений III (Черноевич) обещал помощь сербского православного населения австрийскому генералу Пиколомини в войне Священной лиги во главе с Австрией против Османской империи, которая развернулась на полях Сербии и Боснии и Герцеговины. В 1697 г. принц Евгений Савойский взял Сараево, но, согласно заключённому в 1699 г. Карловицкому миру, к Австрии отошла северная часть земель Боснии, а Сараево осталось в Османской империи. Православными центрами османского периода были монастыри. К этому времени относятся упоминания о монастырях Ступле (или Ступе), Гомионица, Моштаница, Тврдош, Житомислич. Среди католического населения особым авторитетом пользовался Орден францисканцев. Христианам запрещалось строить храмы на возвышенностях и в центре города, каменные постройки были разрешены только в больших городах. Но стараниями Печских патриархов обновлялись старые церкви и всё же строились новые. Они были простыми в архитектурном плане и находились в отдалённых местах. Для православной культуры Боснии и Герцеговины того периода характерно стремление сохранить традицию. Книгописанием в середине XVI – XVII вв. занимались в Сараеве, а также в монастырях Блишкова, Возуча, Вранштица, Гомионица, Добрун, Дреновица, Житомислич, Завала, Ломница, Моштаница, Папрача, Ступе, Тврдош и др.; главной задачей было тиражирование богослужебных текстов. В 1519 г. в Горажде Божидар Горажданин открыл первую в Боснии и Сербии типографию и издал Служебник и Псалтирь, но типография просуществовала недолго. С XVI в. наблюдалось оживление русско-сербских церковных и культурных связей.