Православное население в конце XIV – XV вв. увеличилось за счёт притока сербов с покорённых османами земель. Конфессиональные воззрения боснийских правителей этого периода отличались непоследовательностью. Стефан Томаш, коронованный викарием боснийских францисканцев, в 1446 г. созвал Собор «всей Боснии», на котором присутствовали «церковь боснийская и добрые боснийцы» вместе с церковным главой «дедом» Милым. Герцог Хрвой Вукчич известен как заказчик роскошных лицевых кодексов: глаголического «Хрвоева миссала», предназначенного для католиков-глаголашей, и кириллического «Хвалова сборника». Герцог «св. Саввы» Стефан Вукчич хотя и поддерживал связи с Римом, но слыл защитником еретиков, т.к. его главным советником был член боснийской церкви «гость» Радин. В 1454 г. герцог пригласил францисканцев проповедовать в своих владениях и построил православный храм, а из ответов Константинопольского патриарха Геннадия II Схолария на вопросы братии Синайского монастыря исследователям известно, что герцог направил туда богатые дары. Богомильство в Боснии фактически прекратило своё существование в 1459–1460 гг., когда, по свидетельству папы Пия II, примерно 12 тыс. человек приняли крещение, а 40 или более, «упорствуя в заблуждении», бежали к герцогу Стефану Вукчичу. От боснийской письменности доосманского периода сохранились десятки грамот правителей и вельмож, начиная с грамоты бана Кулина 1189 г., свидетельствующих о развитой канцелярской культуре Боснии и практически полном отсутствии литературного творчества. Все кириллические кодексы, написанные в Боснии в XIII–XV вв. (более ранние исследователям неизвестны) и связываемые с «боснийской Церковью», представляют книги Нового Завета в их четьей форме. Они отличаются своеобразным правописанием, близким орфографии хорватских глаголических рукописей, и развивают нормы так называемой зето-хумской школы XII–XIII вв. Последний боснийский король Стефан Томашевич погиб в 1463 г. в сражении с турецкими завоевателями во главе с Мехмедом II. На захваченных территориях был организован Боснийский санджак, в 1480 гг. возник Герцеговинский санджак, последний оплот сопротивления пал около 1490 г. Большинство населения в начальный период завоевания исповедовало православие, но на рубеже XVI–XVII вв. при поддержке Австрийской империи на Балканах развернулась активная деятельность католических миссионеров, особенно успешная в западных землях Боснии. Некоторые османские великие везиры второй половины XV – XVI вв., происходившие из боснийских потурченцев (Али-паша Семиз, позднее Соколовичи-Сокологлу), оказывали поддержку и покровительство своим православным родственникам.