Затяжная борьба католической Венгрии с богомильским движением в Боснии, подобно происходившим одновременно Альбигойским войнам в Южной Франции, стала одной из главных причин длительного упадка региона и прекращения его политического развития. Конец Крестовым походам на Боснию, хотя их попытки предпринимались и позднее, положил внешний фактор – появление в 1241 г. татарских орд на границах Венгрии, которая потом долгие годы воевала с кочевниками. В последующие столетия слабое Боснийское княжество стало своего рода «нейтральной территорией» для более могущественных внешних соседей. В 1203 г. посол Иоанн де Касамарис в отчёте папе Иннокентию III писал, что в Боснии и Хуме возобладало влияние Восточной церкви, и богослужения совершаются на славянском языке; однако там сохранилась и латинская епархия. Исследователям известно, что в более поздний период здесь действовали кафедры Сплитской и Дубровницкой архиепископий, которые находились в противостоянии друг другу вплоть до турецкого покорения этих земель. На рубеже XIII–XIV вв. произошло усиление позиций православия, поскольку в это время Восточная Босния находилась под управлением сербского краля Драгутина. После смерти бана Матвея Нинослава Босния до 1320 гг. находилась в состоянии политического упадка. Её северо-восточные районы (Усора и Соли) были превращены в отдельный банат, находившийся под венгерским управлением, остальные земли были раздроблены и частично управлялись далматинскими банами из семейства Шубичей. С конца первой четверти XIV в. начинается объединение страны банами из рода Котроманичей, в её состав возвращаются выделенные ранее северо-восточные районы. Стефан II Котроманич (1314–1353 гг.) присоединил к своим владениям Хум, что при сербском царе Стефане Душане вызвало сербско-боснийскую войну 1349–1351 гг., и Центральную Далмацию. Начинается экономический подъём Боснии, связанный с развитием рудного дела (добыча серебра и полиметаллов) и появлением немецких колонистов-металлургов («саксы», «саси»), создававших новые города, центры добычи и обработки металлов, ремёсел и торговли (Дежевице, Крешево, Остружница, Сребреница, Фойница и др.). В стране увеличилось католическое население. В 1339 г. Боснию посетил генерал францисканского ордена Джерардо Одони. Результатом его миссии явились возникновение в местах поселения саксов-колонистов сети францисканских монастырей и создание викариатства ордена. В 1391 г. католическая епископия в Требине была объединена с Мрканской (острова Далмации, ныне Хорватия). Вершины политического могущества Босния достигает в правление сына Стефана II Твртко (1351–1391 гг.), который после гибели короля Вукашина и смерти царя Стефана Уроша Немани (1371 г.) присоединил западные сербские земли (бассейн верхнего течения реки Дрины с притоками, Оногошт, Требине), а в 1380 гг. часть Славонии и Далмации с Трогиром, Сплитом и Шибеником.