В 60-х гг. XV в. укрепление Эчмиадзинского престола было достигнуто после возникновения в католикосате Армянской апостольской церкви института помощников – заместителей патриарха. При Григоре X его помощниками стали Аристакес II и Саргис II; каждый из них пользовался патриаршим титулом и всеми властными полномочиями в Армянской церкви. Распоряжения издавались от имени католикоса и его помощников, а после смерти католикоса на престол автоматически возводился старший из его помощников. Система «тройного предстоятельства» в Армянской церкви просуществовала до середины XVII в., позволив в известной степени обеспечить стабильность церкви, но также привела к тому, что никто из католикосов этого периода не мог вести самостоятельную политику. В XIV–XV вв. общая ситуация на Ближнем Востоке постепенно изменилась. В ходе постоянного противоборства исчезли последние христианские государства региона: Киликийская Армения (1375 г.), Византия (1453 г.) и Трапезунд (1461 г.), владения итальянских морских республик (кроме Кипра). Державы египетских мамлюков и центральноазиатского правителя Тимура оказались недолговечными, и к началу XVI в. весь регион был поделен между находившейся в зените могущества Османской империей и Персидским государством Сефевидов. На XVI–XVII вв. приходится период наиболее активного противоборства между этими державами за доминирующее положение на Ближнем Востоке, в том числе за власть над армянскими землями. Епархии и общины Армянской церкви также были на несколько столетий поделены по территориальному признаку на турецкие и персидские. Обе эти части единой церкви с XVI в. развивались в разных условиях, имели различный юридический статус, что сказалось на структуре иерархии Армянской апостольской церкви и на взаимоотношениях различных общин внутри нее. После падения Византийской империи в Константинополе (Стамбуле) был образован Константинопольский патриархат Армянской церкви. Обычно датой создания считается 1461 год, когда первым армянским патриархом в Стамбуле стал архиепископ Бурсы Овагим, возглавлявший армянские общины в Малой Азии, но окончательное формирование заняло длительное время. Патриарх был наделен широкими религиозными и административными полномочиями и являлся главой (баши) особого «армянского» миллета (эрмени миллети). Кроме собственно армян в этот миллет были включены и все христианские общины, не вошедшие в объединявший православных христиан на территории Османской империи «византийский» миллет: нехалкидонские церкви, марониты, богомилы и католики Балканского п-ова. Их иерархия в административном отношении была подчинена армянскому патриарху в Стамбуле. На территории Османской империи в XVI в. оказались и другие престолы, составлявшие неотъемлемую часть Армянской апостольской церкви, – Ахтамарский и Киликийский католикосаты и Иерусалимский патриархат (армянская кафедра в Святой земле, разместившаяся в Иерусалимском монастыре св. Иакова и получившая впоследствии статус патриархата; она возникла еще в середине VII в.). Престол католикосов всех армян в Эчмиадзине оказался на территории Персии, и там же находился подчиненный Армянской апостольской церкви престол католикоса Албании (Арцах). Армяне в персидских владениях почти полностью утратили права на автономию, и Армянская церковь здесь осталась единственным общественным институтом, который мог представлять нацию и влиять на общественную жизнь.