В 1193 г. после смерти Григора IV князь Левон возвел на престол 22-летнего епископа Григора V, рассчитывая с его помощью добиться своих целей, однако в 1194 г. Собор епископов Армянской апостольской церкви низложил Григора V. Он был заключен в замке Копитар и вскоре, видимо, был убит. В 1197 г. начались переговоры армян с папой и Римско-Германской империей о пожаловании князю Левону королевского (царского) титула. После долгих споров соглашение с латинянами было достигнуто, и 6 января 1198 г. Левон был коронован кардиналом Конрадом и помазан на царство католикосом Григором VI. Однако заключение соглашения с латинянами не привело к существенным изменениям в положении Армянской апостольской церкви; уния 1198 г. осталась лишь формальностью. Уже в первые годы XIII в. царь Левон изгонял латинских монахов из Киликии и действовал вопреки инструкциям легатов, а в самой Армянской церкви продолжали развиваться группировки про- и антилатинского толка. Во время патриаршества Костандина I (1221–1267 гг.) взаимоотношения с католиками улучшились. Одним из канонов Сисского собора (1243 г.) вводилось таинство Елеосвящения, не употреблявшееся в армянской практике. В XIV в. западное влияние постепенно усиливалось, что объясняется тесными связями с европейцами (в Киликии проживало много выходцев из Италии, царский род Рубенидов заключал браки с «франками» – представителями латинских династий, правивших в Восточном Средиземноморье). На этот период падает деятельность униатских проповедников (так называемых униторов), активно распространявших католическое учение и стремившихся обратить в католичество ближневосточных христиан (в том числе и армян). На Соборах в Сисе (1307 г.) и Адане (около 1316 г.) часть иерархов Киликийской Армении вступили в общение с Римской церковью, однако попытки унии носили скоротечный характер: на Сисском соборе 1361 г. были отменены все нововведения латинского обряда, а в Восточной Армении большинство церковных деятелей решительно порицали контакты с Западом. Армянская апостольская церковь в Киликии не раз принимала участие в богословском диалоге с церквами Запада и Востока, но, в конечном счете, сохранила самостоятельное положение, следуя своей традиции. Киликийское армянское государство просуществовало до 1375 г., когда было завоевано египетскими мамлюками. Это вызвало новые волны эмиграции в направлении Кипра, Италии, Франции. В очередной раз Армянской церкви приходилось приспосабливаться к новым условиям. Период конца XIV – первой половины XV вв. стал временем наибольшего кризиса внутри Армянской апостольской церкви. Престол в Сисе насильственно переходил из рук в руки, несколько католикосов погибли в ходе этой борьбы. Одновременно в Восточной Армении на базе богословской школы Сюника развивалось движение за возрождение Армянской церкви. Здесь возникла идея о переносе главного престола церкви в ее древнейший исторический центр – Эчмиадзин, поскольку сохранение престола вдали от самой Армении после падения Киликийского государства представлялось бессмысленным. Решение о переносе главного престола Армянской церкви в Эчмиадзин было закреплено при католикосе Григоре IX на собрании 700 епископов, архимандритов, ученых и представителей знати (Эчмиадзин, май 1441 г.). Католикосу всех армян, отныне находившемуся в Эчмиадзине, подчинялись в духовном отношении все прочие армянские первоиерархи. Однако перенос кафедры не привел к быстрому возрождению авторитета католикосов: предстоятели Армянской церкви в Киликии сохранили титул католикосов и долгое время не признавали главенства Эчмиадзина над всей Армянской апостольской церковью. В самом Эчмиадзине в течение двух десятилетий продолжалась борьба за престол между Григором X и Закарией Ахтамарским.