При католикосе Барсеге I (1105–1113 гг.) в Киликию переместилась резиденция предстоятелей Армянской апостольской церкви: первоначально ею стал монастырь Шугр, а затем – крепости Цовк и Ромкла (Румкале). В 1293 г. престол католикосов Армянской церкви утвердился в столице Киликийского царства г. Сис. Тем не менее, «странствия» первосвятителей Армянской апостольской церкви (с XII в. они титулуются как «Католикосы всех армян») не привели к значительному ослаблению их власти. В этот период во многом благодаря централизованному управлению в раздробленной Армении церковь сохраняла большой авторитет в обществе и, кроме того, сумела решить ряд важных общенациональных проблем. В период XII–XIV вв. Киликия становится центром развития армянского христианства. В эпоху Киликийского армянского государства, несмотря на сложную политическую обстановку на Ближнем Востоке, вновь происходит активизация взаимоотношений между Армянской апостольской и православными церквами. Во второй половине XII в. Константинопольский патриархат и Армянская апостольская церковь достигли наибольшего в истории успеха в деле церковной унии. При императоре Мануиле I Комнине Византийская империя, удерживавшая значительную часть арменизированной Киликии, стремилась к установлению контактов с Армянской апостольской церковью, рассчитывая на поддержку армянами политики Константинополя на Ближнем Востоке. На Соборе Армянской церкви в Ромкле (1178 г.) была продемонстрирована готовность армянских иерархов к сближению с православной церковью (Халкидонский собор не упоминался). Однако после смерти Мануила (в 1180 г.) его преемники в обстановке не прекращавшихся внутренних раздоров и внешних вторжений с Запада и Востока утратили интерес к переговорам с Армянской церковью, тем более что вопрос о признании армянами Халкидонского собора так и остался открытым. Последовавшее в 1204 г. взятие Константинополя крестоносцами надолго прервало связи Армянской церкви с Византией. С XII в. после прихода на Ближний Восток крестоносцев Армянская церковь поддерживала контакты с католической церковью. В условиях постоянной угрозы со стороны тюрок-сельджуков и Византии армянские князья и иерархи стремились к сотрудничеству с государствами крестоносцев в Сирии и Палестине, видя в них естественного союзника. Рим также пытался использовать влияние Армянской церкви на Ближнем Востоке в своих интересах. В 1141 г. католикос Григор III и его брат – епископ Нерсес, будущий католикос Нерсес IV Шнорали, участвовали в Соборе латинской Антиохийской церкви. В 1143 г. в сопровождении папского легата на Востоке Альбериха Григор III посетил Святую землю и участвовал в латинском Соборе в Иерусалиме. В эти же годы были установлены контакты Армянской апостольской церкви с Римом; католикос обменивался посольствами с папами Иннокентием II, Луцием II, Климентом III и др. Попытки вести переговоры о вероучении первоначально не привели к существенным результатам. В то же время активная восточная политика византийского императора Мануила I изменила политические настроения армян в пользу ориентации на Константинополь. Новый этап сближения между Армянской апостольской церковью и Западом начался уже в конце XII в. в связи со стремлением киликийских князей упрочить свое положение и получить от папы Римского царский (королевский) титул. Деятельность князя Левона в этом направлении поддерживали католикос Григор IV и епископ Нерсес Ламбронаци, управлявший делами церкви. Стремление придворной партии вызвало внутренний конфликт в Армянской апостольской церкви, поскольку большинство иерархов в областях Восточной Армении не принимали возможной унии.