Во исполнение постановления Собора Священный Синод РПЦ 30 марта 1999 г. принял решение о начале прямого двустороннего диалога РПЦ с древними Восточными Церквами. Данное решение было одобрено Юбилейным Архиерейским Собором РПЦ 2000 г. 20 марта 2001 г. в Москве состоялось первое заседание координационного комитета с участием представителей РПЦ и Коптской, Сирийской и Армянской Апостольской (Киликийский Католикосат) Церквей. На встрече с участниками Патриарх Московский и всея Руси Алексий II особо отметил, что начало двусторонних переговоров не означает, что РПЦ ставит под сомнение значение общеправославного богословского диалога, но необходимо придать новый импульс дальнейшему изучению разных богословских традиций, прежде всего, в области христологической терминологии. При этом важно приложить максимум усилий не для защиты документов или формул согласия, а для обретения самого этого согласия в вопросах веры. Обсуждение богословской проблематики началось также в рамках прямого диалога РПЦ и ААЦ, для проведения которого создана богословская комиссия (по 6 представителей от каждой Церкви). Участником первого Вселенского собора 325 г. был сын и преемник Григория Просветителя – Аристакес, участником второго Вселенского собора армянская традиция считает Нерсеса. Решения трех первых Вселенских соборов были приняты в Армении. Собор Армянской апостольской церкви в Аштишате (435 г.), осудив вслед за отцами Эфесского собора несторианство, анафематствовал не только Константинопольского патриарха Нестория, но и его учителей Феодора Мопсуестийского и Диодора Тарсского. Шахапиванский собор 446–447 гг. принял вошедшие в свод канонического права Армянской апостольской церкви 20 правил против еретиков и сектантов. Четвертый Вселенский собор в Халкидоне (451 г.) состоялся без участия армянских представителей – в это время армяне во главе с Варданом Мамиконяном вели борьбу за само право исповедовать христианскую веру. Узнав о его решениях, армянские богословы отказались их признать, увидев в учении о двух природах Христа возрождение несторианства. В неприятии Халкидонского собора сыграло немалую роль и решение о возвышении столицы Византии в церковной иерархической структуре: 28-й канон подчинял Константинополю кафедру Кесарии Каппадокийской, в чем в Армении видели угрозу собственной церковной независимости. В 491 г. на Соборе в Валаршапате Армянская апостольская церковь приняла выработанную в Византии компромиссную объединительную формулу – «Генотикон» императора Зинона, а I Собор в Двине (505–506 гг.) в сдержанной форме вынес осуждение догматическим «новшествам». После отмены «Генотикона» в Византии (519 г.) Армянская церковь вернулась к рассмотрению этого вопроса, и на II Двинском Соборе (554–555 гг.) халкидонские определения и «Томос» папы Льва I Великого были отвергнуты и осуждены. В это же время армянский католикос получил титул патриарха, что было призвано уравнять его статус с предстоятелями пяти главных престолов Византийской империи. Также было принято особое летосчисление – армянская эра, ведущая начало с 11 июля 552 г. от Рождества Христова. Однако попытки Византийской империи приобщить армян к православию не прекращались. В 591 г. произошел второй раздел Армении, в результате которого большая часть страны оказалась включенной в состав империи. При поддержке Византии был образован православный (халкидонитский) католикосат в Аване, противостоявший армянскому католикосу, находившемуся в Двине на персидской территории. Грузинская и Албанская церкви, развивавшиеся в тесной связи с Армянской церковью и издавна находившиеся с ней в братских отношениях, в VI в. придерживались одинаковой позиции по вопросу о Халкидонском соборе.