Однако в них возникли различные партии: сторонники халкидонского вероучения, ориентировавшиеся на Византию, и его убежденные противники, поддерживаемые Ираном. В результате бурной полемики и углубления процессов церковной децентрализации в Закавказье произошел разрыв (в 608–609 гг.) между армянским католикосом Авраамом I и Кирионом I, предстоятелем Грузинской церкви, признавшим Халкидонский собор. Время от времени возникали противоречия на иерархической почве между церквами Армении и Кавказской Албании. В VII в. успешно шли переговоры между Константинополем и Армянской апостольской церковью о церковном воссоединении, в ходе которых была заключена так называемая Каринская уния. С началом арабских завоеваний Армянской апостольской церкви пришлось выдержать тяжелые испытания. В конце VII в. было заключено соглашение между арабскими властями и католикосом Сааком III о гарантиях свободы вероисповедания для армян при условии их политической лояльности исламскому халифату. Процесс церковного сближения армян с Византией сошел на нет в начале VIII в. Около 706 г. католикос Елия добился смещения Албанского католикоса Нерсеса, поддерживавшего византийскую политику на Кавказе и приверженного халкидонскому вероучению. С этого времени Армянская и Албанская церкви придерживались единой позиции в отношении неприятия Халкидонского собора. Католикос Елия подвергал преследованиям некоторых армянских богословов прохалкидонского направления, боролся за искоренение остатков греческих церковных обычаев. Стремление Армянской апостольской церкви к окончательному отделению от византийской обрядовой и богословской традиции было закреплено при католикосе Ованнесе III Одзнеци (717–728 гг.), который стремился в условиях арабской оккупации утвердить независимую армянскую национальную церковь. В 726 г. на Соборе в Маназкерте было сформулировано вероучение, включающее исповедание «единого естества воплощенного Бога Слова согласно неизреченному единению в Божестве, что от Божества и человечества». Тогда же произошел окончательный разрыв между Армянской и Грузинской церквами. Начало формирования положений армянского церковного права восходит ко времени Григория Просветителя. В 325 г. Армянская апостольская церковь приняла Никейский Символ веры и 20 правил, утвержденных I Вселенским собором. Григорий Просветитель, возможно, добавил к этим канонам еще несколько правил. К середине IV в. традиционно относятся ответы на различные вопросы канонического и литургического характера Иерусалимского патриарха Макария I католикосу Вртанесу. Однако этот памятник, возможно, следует отнести ко времени патриаршества в Иерусалиме Макария II (вторая половина VI в.). Ряд дисциплинарных правил был принят на Соборе Армянской церкви в Аштишате (около 354 г.) при католикосе Нерсесе I. Они касались вопросов о статусе различных церковных учреждений (монастырей, больниц, школ), а также содержали положения для мирян: правила, касающиеся заключения браков, запрет кровавых жертвоприношений и языческих погребальных обычаев. В V в. правила Никейского и Эфесского Вселенских соборов были переведены на армянский язык. К ним были добавлены 55 правил католикоса Саака Великого. Несмотря на многочисленные вторжения завоевателей, христианская литература в Армении продолжала развиваться, оставив большое число произведений.