В отличие от большинства святогорских соборов кафоликон Зографа не имеет боковых приделов. В 1840 г. с запада и севера к лити был пристроен двухъярусный экзонартекс с открытой нижней аркадой. Роспись храма (окончена в 1817 г.) выполнена местной артелью под руководством мастера Никифора (ум. в 1816 г.), затем мастера Митрофана из Визии. Фрески экзонартекса были созданы между 1840 и 1848 гг., здесь размещён, в частности, один из характерных для Афона обширных циклов Апокалипсиса. К северу от кафоликона находится церковь Успения Пресвятой Богородицы (1764 г.) – небольшой (15х8 м) одноглавый храм на четырёх колоннах с фресками 1780 г. Напротив входа в кафоликон традиционно расположена трапезная. Это – огромное сооружение с двумя ярусами подвалов, двухсветной трапезной палатой и перекрытой огромным куполом бесстолпной церковью равноапостольных Кирилла и Мефодия (по некоторым данным, освящена в 1893 г.). Здание трапезной выдаётся мощным гранёным объёмом далеко на запад за линию монастырских построек. Высокая колокольня монастыря, увенчанная часовой башенкой с шатром, и пристроенный к ней парекклисион в честь Преображения Господня (1750–1760 гг.) расположены в середине восточного крыла построек, за алтарём кафоликона. В северной части того же восточного крыла находятся украшенные фресками парекклисионы Иоанна Предтечи (1768 г.) и Димитрия Солунского (1760 гг.). Остальные парекклисионы Зографа (св. Бессребреников, св. Архангелов и 26 Зографских преподобномучеников) росписей не имеют. В северо-западном углу двора после разбора развалин сгоревшей в 1873 г. башни был поставлен памятник (кенотаф) Зографским преподобномученикам. Монастырь окружён большим количеством разнообразных построек. На северо-востоке расположено кладбище с церковью Благовещения Пресвятой Богородицы (1777 г.). Рядом с ним находится обширный комплекс хозяйственных построек (XIX в.), включающий больницу, маслобойню, хлев, мастерские и др. К южному крылу монастыря примыкает здание поварни-пекарни (мангипион). Зографу принадлежит семь кафизм. К западу от монастыря находится кафизма во имя Георгия Победоносца (в полуразрушенном состоянии). Одноглавый храм (1850 г.) окружён стенами и келлиями, поэтому напоминает небольшой монастырь. Кафизма построена на месте, где, согласно преданию, остановился мул с Аравийской иконой. Кафизма во имя Николая Чудотворца (1859–1860 гг.) находится на холме за юго-восточным углом монастыря. В разрушенном состоянии сохранилась кафизма в честь Рождества Пресвятой Богородицы в местности Маврос-Вирос (Черни-Вир); она имела статус скита, и в ней с 1747 г. проживали русские монахи, в 1829 г. их было 30 человек. Ещё есть кафизмы Херово, во имя апостола Иоанна Богослова, во имя Всех святых, во имя Спиридона Тримифунтского и во имя св. Апостолов. Пристань (арсанас) Зографа, расположенная вдали от монастыря на юго-западном побережье полуострова, является самым большим портовым комплексом на Афоне. В него входят древняя башня (1470–1475 гг.), большой бесстолпный храм, склады, ветряная мельница, дома для рабочих, а также полицейская и таможенная станции (т.к. эта пристань ближайшая к Урануполи, через который попадают на Святую Гору). К западу от пристани находятся руины неизвестного средневекового монастыря, по традиции именуемые Старой Афониадой или Греческой школой.